结论：在签合同的公司与付款的公司不是同一个公司，但具有同一个法定代表人的情况下，可以同时起诉这两家公司，但具体是否能够得到法院支持，需结合案件具体情况及证据综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、法律关系分析
合同相对性原则：
- 根据合同法的相关规定，合同具有相对性，即合同的权利义务主要约束合同双方当事人。在此情况下，签合同的公司是合同的一方当事人，应承担合同约定的义务。
- 若付款公司并非合同当事人，原则上不受合同约束。但若付款行为被认定为对合同债务的加入或承担，则付款公司可能需承担相应责任。
法定代表人行为：
- 法定代表人以公司名义从事的民事活动，其法律后果由公司承受。因此，若法定代表人代表签合同的公司签订合同，该合同对签合同的公司具有约束力。
- 法定代表人同时代表付款公司进行付款行为，若该付款行为与合同履行相关，且得到签合同公司的认可或授权，则可能构成对合同债务的履行或承担。
二、起诉策略与证据收集
同时起诉两家公司：
- 在起诉时，可以将签合同的公司和付款公司列为共同被告。这样做的好处是可以一次性解决纠纷，避免后续诉讼成本。
- 但需注意，若付款公司并非合同当事人，且没有证据表明其愿意承担合同债务，则法院可能不会支持对付款公司的诉讼请求。
证据收集：
- 收集合同文本、付款凭证、沟通记录等证据，以证明签合同的公司与付款公司之间的关联关系，以及付款行为与合同履行的关系。
- 若有可能，收集法定代表人代表两家公司进行行为的授权文件或相关证据，以证明其行为的合法性及关联性。
三、可能面临的法律后果
若法院认定付款公司构成债务加入或承担：
- 则付款公司需与签合同的公司共同承担合同债务，原告可以要求两家公司共同履行付款义务。
若法院认定付款公司不构成债务加入或承担：
- 则付款公司无需承担合同债务，原告只能要求签合同的公司履行付款义务。此时，若签合同的公司无履行能力，原告可能面临执行困难的风险。
四、建议与风险提示
在起诉前进行充分评估：
- 评估两家公司之间的关联关系、付款行为与合同履行的关系，以及证据的充分性和证明力。
- 考虑诉讼成本、执行难度等因素，制定合理的诉讼策略。
寻求专业法律帮助：
- 合同纠纷案件往往涉及复杂的法律关系和证据收集，建议寻求专业律师的帮助，以提高诉讼胜诉率和执行效率。
注意诉讼时效：
- 根据相关法律规定，合同纠纷的诉讼时效期间为三年。自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。因此，需在诉讼时效期间内提起诉讼，以免丧失胜诉权。
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