结论：公司已备案不定时工作制的情况下，员工是否还能主张加班费，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
不定时工作制的特点与适用范围
- 特点：不定时工作制是一种因工作性质、特点或工作职责的限制，无法按标准工作时间衡量或需要机动作业的职工所采用的工时制度。它不适用加班加点限制性规定，即不计算加班时间，也不支付加班工资。
- 适用范围：通常适用于高级管理人员、外勤人员、推销人员、部分值班人员等因工作性质特殊，需机动作业的职工。
不定时工作制下加班费的支付情况
- 一般原则：在实行不定时工作制的情况下，企业通常无需支付加班费。这是因为不定时工作制本身就是为了适应工作性质的特殊性，允许员工在工作时间上具有一定的灵活性。
- 例外情况：然而，如果员工在法定节假日工作，根据《工资支付暂行规定》第十三条，用人单位应按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的300%支付劳动者工资。这意味着，即使在不定时工作制下，员工在法定节假日工作仍应获得加班费。
实际操作中的注意事项
- 备案与审批：企业实行不定时工作制需经过劳动保障行政部门的审批，并确保备案手续完备。未经审批擅自实行不定时工作制，可能面临法律风险。
- 劳动合同约定：企业与员工在劳动合同中应明确约定工时制度，包括不定时工作制的具体安排和加班费的支付方式（如适用）。这有助于减少因工时制度引发的劳动争议。
- 员工权益保护：员工应了解自己的工时制度，并在必要时向企业提出合理诉求。如果企业未按照约定支付加班费或违反其他劳动法规，员工有权向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
具体案例分析
- 案例一：某公司销售部门员工实行不定时工作制，平时无需打卡上下班。但在国庆节期间，公司要求员工加班推销产品。此时，员工有权要求公司按照法定节假日的工资标准支付加班费。
- 案例二：某公司高管实行不定时工作制，经常需要出差和应酬。由于工作性质特殊，高管在周末或晚上加班是常态。但根据不定时工作制的特点，公司通常无需支付加班费。然而，如果高管能证明加班时间超出了合理范围或公司未按照约定提供相应补偿，仍可能通过法律途径维护自己的权益。
建议：如果您所在的公司已备案不定时工作制，但您对加班费支付情况有疑问或认为自己的权益受到侵害，建议首先与公司沟通协商。如果协商无果，您可以向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助。作为专业律师，我擅长处理劳动纠纷领域的问题，如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。