结论：在劳动合同约定标准工时制，但实际执行一天休一天工作制的情况下，若发生劳动纠纷，工资计算及加班费等权益的判定主要依据实际工作时间与法定工作时间的对比，以及劳动合同的具体约定和相关法律法规。
一、实际工作时间与法定工作时间的对比
标准工时制：根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，标准工时制下，劳动者每日工作时间不超过8小时，平均每周工作时间不超过44小时。若实际执行的一天休一天工作制导致劳动者周工作时间超过44小时，则超出部分应视为加班。
加班认定：在一天休一天的工作制下，若劳动者在“工作日”当天的工作时间超过8小时，或者在整个工作周期内（如两周）的总工作时间超过法定标准，那么超出部分应依法支付加班费。
二、劳动合同的具体约定
合同条款：首先需审查劳动合同中关于工作时间、休息休假、工资支付等条款的具体约定。若合同中明确约定了“一天休一天”为双方认可的工作制，且该工作制不违反法律法规的强制性规定，则双方应按合同约定履行。
变更协商：若劳动合同未明确约定此种工作制，或约定后需变更，则用人单位应与劳动者协商一致，并采用书面形式变更劳动合同。未经协商一致，用人单位单方面改变工作制可能构成违法。
三、相关法律法规的适用
加班费支付：根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
违法后果：若用人单位未按照法律规定支付加班费或违反工作时间规定，劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位支付拖欠的加班费及可能的经济补偿。
四、建议与行动
收集证据：劳动者应保留好与工作时间、工资支付相关的证据，如考勤记录、工资条、劳动合同等，以便在发生纠纷时证明自己的主张。
协商解决：在发生纠纷时，双方可尝试通过协商解决，以减少诉讼成本和时间。
法律途径：若协商无果，劳动者可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，必要时可向法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。
举例：假设劳动者在一天休一天的工作制下，每周实际工作6天，每天工作10小时，则周工作时间为60小时，超出法定44小时的部分为16小时。这16小时中，若包含休息日（如周六、周日）的工作时间，则应按不低于工资的百分之二百支付加班费；若为工作日延长工作时间，则应按不低于工资的百分之一百五十支付加班费。
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