公司突然停止缴纳在职员工的补充公积金是违法的。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
一、法律背景与规定
根据相关法律法规，住房公积金（包括基本公积金和补充公积金）是单位以及全体员工的长期住房基金。单位有义务按时、全额地进行缴存，严禁拖欠或少交。这一规定旨在保障员工的合法权益，确保他们在住房方面得到一定的支持。对于补充公积金，虽然其并非法律强制要求缴纳的项目，但一旦单位与员工约定缴纳，就必须按照约定履行义务。
二、公司停止缴纳补充公积金的违法性
违反合同约定：如果公司与员工在劳动合同或补充协议中明确约定了缴纳补充公积金的条款，那么公司突然停止缴纳就构成了违约行为。员工有权依据合同约定要求公司继续履行缴纳义务，并可能要求公司承担违约责任。
损害员工权益：补充公积金作为员工福利的一部分，对于提高员工的生活质量和住房条件具有重要意义。公司停止缴纳补充公积金，无疑会损害员工的合法权益，降低员工的福利待遇。
三、法律后果与应对措施
员工有权要求补偿性交费：当公司未履行缴纳补充公积金的职责时，员工有权要求公司予以补偿性交费。这可以通过与公司协商、向劳动监察部门投诉或提起劳动争议仲裁等方式实现。
向相关部门投诉：如果公司拒不配合补偿性交费，员工可以向住房公积金管理局或劳动监察部门投诉揭发。这些部门有权勒令公司限期补缴，并在公司未执行的情况下采取进一步的强制措施。
申请人民法院强制执行：在相关部门勒令公司限期补缴后，如果公司仍未执行，员工可以申请人民法院强制执行。法院将依法对公司进行处罚，并强制其履行缴纳义务。
四、建议与注意事项
保留相关证据：员工在维护自身权益时，应保留好与补充公积金缴纳相关的证据，如劳动合同、补充协议、工资单等。这些证据将有助于证明公司的违约行为和员工的合法权益。
及时采取行动：一旦发现公司停止缴纳补充公积金，员工应及时采取行动，通过与公司协商、投诉或仲裁等方式维护自身权益。避免因拖延时间而错过维权时机。
咨询专业律师：在处理此类纠纷时，员工可以咨询专业律师的意见。律师将根据具体情况提供法律建议和帮助，确保员工的权益得到最大程度的保障。
综上所述，公司突然停止缴纳在职员工的补充公积金是违法的。员工有权要求公司继续履行缴纳义务，并可能要求公司承担违约责任。在处理此类纠纷时，员工应保留好相关证据，及时采取行动，并咨询专业律师的意见。