关于在职员工停缴公积金是否合法的问题，这需要根据具体的法律法规和实际情况来进行分析。

首先，根据国务院《住房公积金管理条例》以及各地（如浙江省）的住房公积金管理条例，新设立的单位或者新招录的职工，必须自（招录）之日起三十日内，到住房公积金中心办理缴存登记和职工账户设立手续。这意味着，一旦员工成为单位的一员，单位就有义务为其缴纳公积金，且这一缴纳是强制性的，不按时缴存是违反相关规定的。

对于在职员工而言，如果单位无故停缴其公积金，这显然是不合法的。公积金是员工的一项重要福利，它关系到员工的住房权益和未来的生活质量。单位停缴公积金，不仅损害了员工的合法权益，也可能面临法律责任。

当然，也存在一些特殊情况，比如员工离职、退休、出境定居、完全丧失劳动能力并与单位终止劳动关系等，这些情况下员工的公积金账户可能会被封存或提取，但这并不等同于单位可以随意停缴在职员工的公积金。

此外，如果单位确实因为经营困难等原因无法按时缴纳公积金，也应该及时与住房公积金管理中心沟通，寻求解决方案，而不是擅自停缴。

综上所述，在职员工停缴公积金一般是不合法的，除非存在特定的、符合法律法规规定的情形。如果员工发现单位无故停缴其公积金，可以向当地的住房公积金管理中心进行投诉和举报，以维护自己的合法权益。