结论：公司停缴社保但不停缴公积金的行为一般不合法，需分情况具体分析。以下从不同角度展开说明：

1. 从法律强制性角度分析

根据《社会保险法》第58条、第60条，用人单位必须自用工之日起30日内为员工办理社保登记，并按时足额缴纳社保费用（包括养老、医疗、失业、工伤、生育五项），这是法定义务，不得通过协议免除。若公司停缴社保，即使公积金正常缴纳，仍违反《社会保险法》，员工可向当地社保部门投诉，要求公司补缴并承担滞纳金。

而公积金的缴纳依据《住房公积金管理条例》第20条，虽同样要求用人单位按月足额缴存，但法律强制力相对社保较弱。实践中，部分地区对公积金的执法力度不如社保严格，但这不意味着公司可以随意停缴。若公司未缴或欠缴公积金，员工可向当地公积金管理中心投诉，但处罚力度可能低于社保违规。

2. 从员工权益保护角度分析

社保与公积金的权益性质不同：

• 社保：直接关联员工的医疗报销、养老待遇、失业救济等核心权益，停缴会导致员工无法享受相关待遇（如医保断缴期间无法报销医疗费）。
• 公积金：主要用于住房相关支出（如购房贷款、租房提取），停缴虽不影响当前生活，但会减少账户积累，影响未来住房计划。

若公司仅停缴社保，员工可优先通过劳动仲裁或诉讼主张以下权益：

• 要求公司补缴社保并赔偿因断缴导致的损失（如无法报销的医疗费）；
• 若公司以此为由逼迫离职，可能构成违法解除劳动合同，员工可主张赔偿金（2N）。

若公司同时停缴公积金，员工可向公积金管理中心投诉，要求公司补缴，但一般无法直接通过劳动仲裁主张赔偿（除非地方性法规有特殊规定）。

3. 从公司操作合理性角度分析

公司可能以“经营困难”为由停缴社保或公积金，但根据《社会保险法》第63条，即使公司欠缴社保，社保部门也可通过划拨账户资金、申请法院强制执行等方式追缴，公司无权单方面停缴。若公司确实无力缴纳，需与员工协商并经社保部门批准后缓缴，但缓缴期限一般不超过1年，且需补缴欠费。

4. 实务建议

• 对员工：若发现公司停缴社保，立即收集劳动合同、工资流水、社保缴费记录等证据，向当地社保部门投诉（可通过“国家社会保险公共服务平台”或线下窗口办理）；若公司同时停缴公积金，可同步向公积金管理中心投诉。
• 对公司：停缴社保或公积金均面临法律风险，建议通过合法途径（如协商减薪、申请缓缴）应对经营困难，避免因违规操作引发劳动纠纷。

总结：公司停缴社保但不停缴公积金的行为不合法，员工可依法维权。若您遇到类似问题，可直接向我咨询具体操作流程及证据收集要点。