结论前置：公司拒绝补缴公积金的合法性需根据具体情况判断。若公司存在未按规定为职工开户缴存、少缴公积金或无故中断缴存等情形，则拒绝补交是不合法的；但若因不可抗力等特殊原因或已过追溯时效，公司可能无需补交。

详细分析：

一、不合法的情形

1. 未按规定为职工开户缴存

   • 根据《住房公积金管理条例》，公司录用职工后，应在30日内向住房公积金管理中心办理缴存登记，并设立职工住房公积金账户。若公司超过此期限未办理，且之后不进行补交，这种行为违反了法规规定，属于不合法情形。例如，小李入职新公司后，公司未在规定时间内为其开设公积金账户，且在小李提出后仍拒绝补交，这种行为就是不合法的。

2. 少缴公积金

   • 公司应按照职工实际工资基数足额缴存公积金。若公司不按照实际工资基数缴存，而是选择较低的基数，且经职工反映或公积金管理中心检查后仍拒绝补交少缴部分，这种行为同样是不合法的。比如，小张的月工资为1万元，但公司只按照5000元的基数为其缴存公积金，且在小张提出异议后仍拒绝补交差额，这种行为就违反了规定。

3. 中断缴存

   • 在没有法定事由的情况下，公司不得停止为职工缴存公积金。若公司无故中断缴存，且不打算补交，这种做法也不符合法律要求。例如，某企业因经营不善而决定暂停为职工缴存公积金，且在小张等职工提出异议后仍拒绝补交，这种行为就是不合法的。

法律后果：对于上述不合法情形，职工有权向当地住房公积金管理中心投诉。管理中心将责令公司限期办理；逾期不办理的，可处以1万元以上5万元以下的罚款。若公司逾期仍不缴存或少缴，管理中心可以申请人民法院强制执行。

二、合法的情形

1. 因不可抗力等特殊原因

   • 若公司遇到不可抗力事件，如自然灾害、战争等，导致无法按时缴存公积金，且在事件影响消除后及时采取措施恢复缴存，但因经济损失过大等原因确实无法补交之前中断期间的公积金，这种情况可能被认定为合理。例如，特大地震导致企业受损严重，无法补交震后停工期间的公积金，这种情况下公司的行为具有一定合理性。

2. 已过追溯时效

   • 部分地区对公积金补缴有追溯时效规定。若超过了当地规定的可追溯期限，公司可能无需再为职工补交公积金。由于国家层面并没有统一的公积金补缴时效规定，各地规定有所不同，有的地方规定为2年，有的地方规定为3年等。因此，在判断是否合法时，需参考当地的具体规定。例如，某地规定公积金补缴追溯时效为2年，小王在超过此时效后才提出补缴要求，公司拒绝补缴可能是合法的。

建议：为确保自己的合法权益得到保障，职工在入职时应与公司明确约定公积金的缴存情况，并定期查看自己的公积金缴存记录。若发现公司存在不合法情形，应及时向相关部门投诉举报以维护自己的权益。同时，职工也可以咨询我，了解具体的法律程序和维权策略。

总之，公司拒绝补缴公积金的合法性需根据具体情况判断。若职工遇到此类问题，建议先了解当地的具体规定和公司的实际情况，再决定是否采取法律行动。如有需要，可以随时向我咨询。