关于公司拒绝补缴公积金是否合法的问题，这确实是一个需要细致分析的情况，因为合法性取决于多种因素。以下是我为您提供的详细解答：
一、不合法的情形
未按规定为职工开户缴存： 根据《住房公积金管理条例》的规定，单位在录用职工后，有义务在30日内向住房公积金管理中心办理缴存登记，并为职工设立住房公积金账户。如果公司超过这个期限没有办理，并且之后拒绝补交，那么这种行为就是不合法的。例如，如果小李入职后，公司迟迟未为其开设公积金账户，并且在小李提出要求后仍拒绝补交，那么公司的行为就违反了法规。
少缴公积金： 公司应该按照职工的实际工资基数来足额缴存公积金。如果公司选择了一个较低的缴存基数，并且经职工反映或公积金管理中心检查后，仍然拒绝补交少缴的部分，那么这种行为也是不合法的。比如，小张发现自己的公积金缴存基数低于实际工资，向公司反映后，公司却拒绝调整并补交差额，这就构成了违法行为。
中断缴存： 在没有法定事由的情况下，公司不得停止为职工缴存公积金。如果公司无故中断缴存，并且拒绝补交中断期间的公积金，那么这种做法也是不符合法律要求的。例如，某企业因为经营问题而突然停止为职工缴存公积金，并且在职工提出异议后仍拒绝补交，这就违反了法律规定。
对于上述不合法的情形，职工有权向当地的住房公积金管理中心进行投诉。管理中心会责令公司限期办理补交手续；如果公司逾期不办理，还可能会面临1万元以上5万元以下的罚款。如果公司逾期仍然不缴存或少缴公积金，管理中心还可以申请人民法院进行强制执行。
二、合法的情形
因不可抗力等特殊原因： 如果公司遇到了不可抗力事件，比如自然灾害、战争等，导致无法按时缴存公积金，并且在事件影响消除后及时采取了措施恢复缴存，但因为经济损失过大等原因确实无法补交之前中断期间的公积金，那么这种情况可能被认定为合理。例如，特大地震导致企业受损严重，无法补交震后停工期间的公积金，这种情况下公司的行为就具有一定的合理性。
已过追溯时效： 部分地区对公积金补缴有追溯时效的规定。如果超过了当地规定的可追溯期限，公司可能无需再为职工补交公积金。由于国家层面并没有统一的公积金补缴时效规定，各地规定可能有所不同，有的地方规定为2年，有的地方规定为3年等。因此，在判断是否合法时，需要参考当地的具体规定。例如，某地规定公积金补缴追溯时效为2年，如果小王在超过这个时效后才提出补缴要求，那么公司拒绝补缴可能是合法的。
建议：
为了确保自己的合法权益得到保障，职工在入职时应该与公司明确约定公积金的缴存情况，并定期查看自己的公积金缴存记录。如果发现公司存在不合法的情形，应该及时向相关部门进行投诉举报，以维护自己的权益。同时，职工也可以咨询专业的法律人士或律师，以获取更具体、更专业的法律建议。