公司裁员时在职申请住房公积金补缴，公司不愿意补缴，这种做法一般是不合法的。以下从不同角度为你详细分析：

从法律规定角度

根据《住房公积金管理条例》的相关规定，单位应当按时、足额缴存住房公积金，不得逾期缴存或者少缴。单位不办理住房公积金缴存登记或者不为本单位职工办理住房公积金账户设立手续的，由住房公积金管理中心责令限期办理；逾期不办理的，处1万元以上5万元以下的罚款。单位逾期不缴或者少缴住房公积金的，由住房公积金管理中心责令限期缴存；逾期仍不缴存的，可以申请人民法院强制执行。

这意味着，无论公司是否处于裁员阶段，只要存在未按时、足额为员工缴存住房公积金的情况，就违反了法律规定。公司有义务为员工补缴在职期间应缴未缴的住房公积金。

从实际操作角度

• 员工维权途径：如果公司不愿意补缴，员工可以先与公司进行协商，明确指出公司的违法行为以及应承担的法律责任，要求公司尽快补缴。若协商无果，员工可以向当地的住房公积金管理中心进行投诉和举报。住房公积金管理中心会依法进行调查核实，如果确认公司存在违法行为，会责令公司限期补缴。
• 公司可能面临的后果：除了上述提到的可能被住房公积金管理中心责令限期缴存、处以罚款外，如果公司逾期仍不缴存，住房公积金管理中心还可以申请人民法院强制执行。这不仅会给公司带来经济上的损失，还会影响公司的信誉和形象。

特殊情况说明

在某些特殊情况下，公司可能存在一些合理的抗辩理由，但这种情况非常少见且需要严格的证据支持。例如，公司确实因为经营困难等客观原因暂时无法补缴，但需要提供相关的财务报表、审计报告等证据证明其经营状况，并且需要与住房公积金管理中心协商制定合理的补缴计划。即使如此，公司也不能完全免除补缴的义务，只是可以分期补缴。

如果你遇到了公司裁员且不愿意补缴住房公积金的情况，可以先收集好相关的证据，如劳动合同、工资条、工作证明等，以便在需要时维护自己的合法权益。如果你还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。