单位以打扫卫生没做干净为由直接扣工资是不合法的。下面我从几个角度为你详细分析：

法律法规层面

根据《中华人民共和国劳动法》及《工资支付暂行规定》，用人单位不得无故克扣劳动者工资。工资是劳动者提供劳动服务后应得的报酬，其支付受到法律的严格保护。除非符合法定的扣除情形，如代扣代缴个人所得税、社会保险费用、法院判决的抚养费或赡养费等，否则任何单位或个人均不得擅自扣减。打扫卫生没做干净显然不属于这些法定扣除情形之一。

规章制度层面

若用人单位试图通过内部规章制度来规定此类扣款，该规章制度也必须满足严格的法律要求方能有效。具体来说：

1. 内容合法合理：规章制度的内容不能违反法律法规的强制性规定，且处罚措施要符合公平原则。
2. 制定程序民主：规章制度需经过民主程序制定，如职工代表大会讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。
3. 公示告知：规章制度还需向全体劳动者公示，确保其知晓并理解相关规定。

如果单位的规章制度未能满足上述条件，那么以此为依据扣减工资同样是违法的。

实际损失赔偿层面

即使员工因卫生问题给公司造成了实际损失，公司也不能直接扣减工资作为赔偿。正确的做法是通过协商或诉讼的方式来寻求赔偿，且赔偿金额应仅限于弥补实际损失的部分。

劳动者维权层面

对于劳动者而言，面对此类不合法的扣款行为，可以采取以下措施来维护自己的权益：

1. 协商：尝试与用人单位进行协商，要求其说明扣款的依据并返还不合理扣除的工资。
2. 投诉：若协商无果，可以向当地的劳动监察部门投诉，由其对用人单位的工资支付情况进行监督检查并责令改正违法行为。
3. 仲裁或诉讼：劳动者还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，甚至向人民法院提起诉讼来维护自己的合法权益。

在整个维权过程中，劳动者应注意收集并保存好相关证据材料，如劳动合同、工资条、考勤记录以及与单位关于扣款问题的沟通记录等，以便在必要时证明自己的权益受到了侵害。

综上所述，单位以打扫卫生没做干净为由直接扣工资是不合法的行为。如果你遇到了此类情况，可以依法维护自己的权益。如果你还有其他关于劳动工伤（工资福利）方面的问题，欢迎直接向我咨询。