结论：辅警绩效被单位罚款1000元是否合法需分情况判断，核心依据为罚款的法律依据、程序合法性及金额合理性。以下从法律角度展开分析：

1. 罚款的法律依据是否充分

• 若单位依据内部规章制度罚款：需满足两个条件：
  1. 制度合法性：规章制度需经民主程序制定（如职工代表大会讨论通过），且内容不违反法律强制性规定（如《劳动合同法》第4条）；
  2. 授权依据：单位需有法律明确授权方可罚款。根据《行政处罚法》第17条，仅行政机关或法律授权的组织可实施行政处罚，普通企业（包括辅警所属单位）无权自行设定罚款条款。若单位非行政机关且无特别授权，罚款行为可能因“主体不适格”被认定违法。
• 若依据地方性法规或部门规章：需核查该法规是否明确授权单位对辅警绩效问题罚款。例如，部分地方规定辅警管理可参照公务员纪律处分，但“罚款”是否属于合法处分方式需具体分析。若无明确授权，仍可能违法。

2. 罚款程序是否合法

• 事先告知义务：单位应向辅警说明罚款的具体事由、依据及金额，并允许其申辩（《行政处罚法》第44条）；
• 决定程序：罚款需以书面形式作出，载明违法事实、证据、处罚依据及救济途径（《行政处罚法》第59条）；
• 金额合理性：即使合法，罚款金额需与违规行为性质、后果及本人承受能力相当。1000元罚款是否过高，需结合当地经济水平及单位同类处罚案例综合判断。

3. 辅警身份的特殊性

• 辅警虽非正式警察，但通常属于“辅助警务人员”，其管理可能受《人民警察法》或地方辅警管理条例约束。若相关法规明确规定辅警违纪处理方式（如警告、记过、解聘等），而未授权罚款，则单位行为违法；
• 若辅警与单位系劳动关系，则受《劳动合同法》保护。根据该法第9条，用人单位不得克扣工资（罚款可能被认定为变相克扣），除非因劳动者原因造成经济损失且赔偿金额合理（需经劳动者确认）。

4. 救济途径

• 若认为罚款违法，辅警可：
  1. 内部申诉：通过单位工会或上级部门提出异议；
  2. 行政投诉：向当地公安机关或劳动监察部门举报；
  3. 劳动仲裁/诉讼：以单位违法扣除工资为由，申请仲裁或提起民事诉讼，要求返还罚款并赔偿损失。

建议：辅警可先要求单位出具罚款的书面依据及程序文件，核查其合法性。若存在疑问，可直接向我咨询具体法律适用及维权策略。