结论：公司扣除的工资超过绩效部分，一般是不合法的，但具体还需根据劳动合同、公司规章制度以及相关法律法规来综合判断。
一、从劳动合同和公司规章制度的角度分析
劳动合同的约定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者签订的劳动合同中，应当明确约定劳动者的工资构成、支付方式、支付时间等关键条款。
- 如果劳动合同中明确规定了绩效工资的数额，且没有约定公司可以扣除超过绩效部分的工资，那么公司扣除一千元的行为就可能构成违约。
公司规章制度的合法性：
- 公司有权制定规章制度来管理员工，但这些规章制度必须符合法律法规的规定，且不得与劳动合同相抵触。
- 如果公司规章制度中规定了扣除超过绩效部分工资的条款，但该条款未经民主程序制定、未公示或未告知劳动者，或者该条款本身违反了法律法规的强制性规定，那么该条款就是无效的，公司不能依据该条款扣除工资。
二、从相关法律法规的角度分析
工资支付规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《工资支付暂行规定》等相关法律法规，用人单位应当按照劳动合同的约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
- 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
扣除工资的合法情形：
- 法律法规规定了用人单位可以扣除劳动者工资的几种情形，如因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 在本案例中，如果公司扣除一千元并非基于劳动者本人原因造成的经济损失，或者扣除的金额超过了法定比例，那么公司的行为就是违法的。
三、具体建议
核查劳动合同和公司规章制度：
- 劳动者应当首先核查自己的劳动合同和公司规章制度，看其中是否有关于扣除工资的约定或规定。
与公司协商：
- 如果发现公司扣除工资的行为可能违法，劳动者可以与公司进行协商，要求公司补发被扣除的工资。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，要求公司支付被扣除的工资及相应的经济补偿。
- 对仲裁结果不服的，劳动者还可以向人民法院提起诉讼。
举例说明：假设劳动者的月工资为5000元，其中绩效工资为500元。如果公司扣除了一千元，那么扣除的金额就超过了绩效工资本身，也超过了劳动者当月工资的20%（即1000元），且如果扣除后剩余工资低于当地月最低工资标准，则公司的行为就构成了违法。在这种情况下，劳动者有权要求公司补发被扣除的工资，并可以申请劳动仲裁或提起诉讼来维护自己的合法权益。
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