结论：工资3000罚款1000是否合法，不能一概而论，需要分情况讨论。

分析：

1. 公司规章制度与劳动合同的约定：

   • 如果公司的规章制度或劳动合同中明确规定了罚款的条款，并且这些条款不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照这些规定对员工进行罚款，在法律上可能是被允许的。但罚款的数额应当合理，不能过分高于员工的实际损失或违规行为的严重性。
   • 具体情形：假设公司规章制度规定，员工迟到一次罚款200元，而员工某月迟到了5次，那么公司罚款1000元（200元/次 * 5次）在规章制度有明确规定且合理的情况下，可能是合法的。但若规章制度未规定罚款或罚款数额不合理，则公司罚款1000元可能不合法。

2. 法律法规的限制：

   • 根据《工资支付暂行规定》第十六条：“因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。”
   • 具体计算：若员工月工资为3000元，按照上述规定，每月最多可扣除的金额为3000元的20%，即600元。因此，公司罚款1000元超过了这一限制，是不合法的。

3. 罚款的合理性：

   • 即使公司规章制度或劳动合同中有罚款条款，且这些条款不违反法律法规的强制性规定，罚款的数额也应当合理。如果罚款数额过高，明显超出了员工违规行为的实际损失或严重性，那么这种罚款可能被视为不合理，从而不被法律所支持。

建议：

• 对于员工：如果认为公司的罚款不合理或违法，可以先与公司进行沟通协商，要求公司说明罚款的依据和合理性。如果沟通无果，可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
• 对于公司：在制定规章制度或劳动合同中的罚款条款时，应当确保这些条款不违反法律法规的强制性规定，并且罚款的数额应当合理。同时，公司也应当加强对员工的培训和教育，提高员工的法律意识和合规意识，减少违规行为的发生。

后续思考：在实际操作中，公司罚款员工的情况往往比较复杂，涉及到公司规章制度、劳动合同、法律法规等多个方面。因此，在处理这类问题时，需要综合考虑各种因素，确保处理结果的合法性和合理性。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。