关于员工违章被罚款1000元是否合法的问题，这确实是一个需要细致分析的情况，其合法性并非一概而论，而是取决于多个关键因素。
一、一般原则：用人单位直接罚款的非法性
首先，我们要明确一个基本原则：在我国，罚款是行政处罚的一种形式，它只能由具有行政处罚权的行政机关在法定职权范围内实施。用人单位，作为非行政机关，并不具备法律赋予的罚款权力。因此，通常情况下，用人单位以员工违章为由直接罚款1000元的行为，是缺乏法律依据的，属于不合法行为。
二、特殊情况：经济损失赔偿的合法性
然而，也存在一些特殊情况，使得用人单位在特定条件下可以要求员工赔偿损失，这看似“罚款”，实则是对经济损失的补偿。具体来说：
经济损失的因果关系：员工因工作失误或违章行为给用人单位造成了实际的经济损失。
合法有效的规章制度：用人单位的规章制度中必须明确规定了此类情况下的赔偿责任及赔偿方式，且这些规章制度必须经过民主程序制定，并向全体员工公示或告知。这是确保规章制度合法性和有效性的关键。
赔偿金额的合理性：赔偿金额应与员工的过错程度、造成的损失大小相匹配，不能显失公平。同时，根据《工资支付暂行规定》第十六条，赔偿可从工资中扣除，但每月扣除部分不得超过工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。
三、具体判断标准
在判断员工违章罚款1000元是否合法时，我们可以依据以下标准：
是否有相关规章制度：公司是否有明确、合法的规章制度规定了此类情况下的罚款或赔偿责任。
规章制度是否合法有效：规章制度是否经过民主程序制定，并已向员工公示或告知。
罚款金额是否合理：罚款金额是否与员工的过错程度、造成的损失大小相匹配，是否违反了法律强制性规定（如每月扣除工资的比例和剩余工资的标准）。
四、员工权益保护
如果员工认为公司的罚款行为不合法，他们有权采取以下措施来维护自己的合法权益：
与公司协商解决：首先尝试与公司进行沟通，了解罚款的具体原因和依据，寻求合理的解决方案。
向劳动监察部门投诉：如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，寻求政府部门的帮助和支持。
申请劳动仲裁：员工还可以向劳动仲裁机构申请仲裁，通过法律途径来解决争议。
寻求法律援助并提起诉讼：在必要时，员工可以寻求法律援助，并考虑向法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。
总结：员工违章被罚款1000元的合法性取决于多个因素，包括是否有相关规章制度、规章制度是否合法有效、罚款金额是否合理等。只有在满足所有合法条件的情况下，罚款行为才可能被视为合法。员工在面对不合法罚款时，应积极采取措施维护自身合法权益。