员工在公司因违章而面临罚款的问题，其合法性并非一概而论，而是需要根据具体情况和相关法律法规进行综合分析。

首先，从法律法规层面来看：

1. 不合法的情况：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》等法律，用人单位并没有直接对劳动者进行罚款的法定权利。罚款是行政处罚的一种，它只能由国家特定的行政机关依法实施。企业，作为非行政机关，并不具备罚款的权力。
   • 举例来说，如果公司仅仅因为员工上班迟到就直接处以罚款，这种行为在法律上是没有依据的，因此是不合法的。

2. 合法的情况（在一定条件下）：

   • 虽然公司不能直接罚款，但它可以基于合法有效的规章制度对违反规定的员工进行经济处罚。但这里有几个关键条件：规章制度必须经过民主程序制定，内容不违反法律法规的强制性规定，并且已经向劳动者公示或告知。
   • 经济处罚应当具有合理性，与员工的违规行为相对应，且罚款金额需在合理范围内，比如不超过当月工资的20%。
   • 举例来说，如果公司规章制度明确规定员工旷工一天将扣除当天工资的某个合理比例（在法定限额内）作为处罚，并且该规章制度已经经过民主程序制定并向员工公示，那么在员工旷工时，这种经济处罚是合法的。

其次，从司法实践角度来看：

• 法院在判断公司处罚行为的合法性和合理性时，会综合考虑多种因素。如果公司的处罚行为明显不合理、不公正，或者对员工的权益造成了较大损害，法院可能会认定该处罚行为无效。

再者，关于特殊情况与处理措施：

• 虽然用人单位不能直接对员工进行罚款，但如果员工因个人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可以根据劳动合同的约定要求其赔偿相应的经济损失。
• 合法的处罚方式还包括行政处分（如警告、记过等）、辞退以及除名等。这些处罚方式应当遵循合法、合理和善意的原则。

最后，总结与建议：

• 公司在制定和执行规章制度时，应确保其内容的合法性和程序的正当性。对于员工的违规行为，公司应依法采取合适的处罚方式，避免采取违法的罚款措施。
• 公司应加强对员工的培训和教育，提高员工的纪律意识和法律意识，以维护公司的正常秩序和利益。

综上所述，员工在公司违章时，公司直接对员工进行罚款在大多数情况下是不合法的。但公司在一定条件下，可以依据合法有效的规章制度采取经济处罚措施，并需确保这些措施的合理性和合法性。