公司违章处罚员工是否合理合法，需根据具体情况来判断。以下从多个角度进行分析：
一、公司直接罚款的合法性
一般情况下的不合法性：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》，用人单位并无直接对员工进行罚款的法律权利。罚款是行政处罚行为，其执行主体应为具有相应职权的行政机关或法律授权的组织，公司并不具备此资格。
- 例如，若公司以员工上班迟到为由直接处以罚款，这种行为在法律上是缺乏依据的。
特殊情况下的合法性（经济赔偿责任）：
- 若公司依法制定的规章制度中明确规定了赔偿经济损失的条款，并且该规章制度内容合法、经过民主程序制定且已公示告知员工，则在员工因故意或重大过失给公司造成经济损失时，公司可要求员工按规定赔偿。
- 赔偿金额从工资中扣除时，需确保每月扣除部分不超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不低于当地月最低工资标准。
二、公司规章制度的合法性要求
- 内容合法：规章制度的内容必须遵守国家法律法规的强制性规定，不得含有违法或不合理的条款。
- 民主程序：规章制度的制定、修改或决定应经职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，确保员工的参与权和知情权。
- 公示告知：规章制度应通过有效方式（如员工手册、培训、公告栏等）向员工公示或告知，确保员工了解并遵守。
三、员工遇到不合理处罚的处理方式
与公司协商：
- 员工应首先尝试与公司相关负责人进行沟通协商，指出处罚行为的法律依据问题，并要求退还已扣除的罚款或纠正不合理的处罚。
- 在协商过程中，员工应保留好相关证据，如聊天记录、会议记录、罚款通知等。
向劳动监察部门投诉：
- 若协商无果，员工可向当地劳动监察部门投诉公司的违法行为。
- 投诉时需准备充分证据，如劳动合同、工资条、罚款通知、规章制度等，以便劳动监察部门进行调查和处理。
申请劳动仲裁：
- 员工还可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司返还罚款、纠正处罚决定或支付经济补偿。
- 劳动仲裁是解决劳动争议的重要途径，仲裁裁决具有法律效力，双方均应履行。
提起诉讼：
- 如对仲裁结果不满，员工可在规定期限内向人民法院提起诉讼，通过司法途径维护自己的合法权益。
四、实际案例与法律后果
- 案例一：某公司因员工迟到直接罚款，员工投诉至劳动监察部门。经调查，该公司规章制度中未规定迟到罚款条款，且罚款行为未经民主程序讨论和公示。最终，劳动监察部门责令公司退还罚款，并对公司进行了行政处罚。
- 案例二：某员工因故意损坏公司设备被要求赔偿经济损失。公司规章制度中明确规定了赔偿条款，且该条款经过民主程序制定并公示。员工认可赔偿金额并签署了赔偿协议。最终，员工按协议赔偿了公司损失。
总结与建议：
公司在对员工进行处罚时，应确保处罚行为的合法性和合理性。若公司规章制度合法有效且处罚规定合理，公司在特定情况下可对员工进行经济处罚（但需注意不是罚款，而是赔偿经济损失）；否则，处罚行为可能违法。员工在遇到不合理处罚时，应依法维权，通过协商、投诉、仲裁或诉讼等途径保护自己的合法权益。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。