关于公司根据公司规章制度处罚员工罚款是否合法的问题，这需要根据具体情况和相关法律法规进行综合分析。
一、一般情况下的不合法性
在大多数情况下，公司制定规章制度对员工进行罚款是不合法的。这是因为：
法律依据缺失：根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》，用人单位虽然有权依法建立和完善规章制度，但并未被赋予直接对员工进行罚款的权力。罚款作为行政处罚的一种，只能由行使国家行政权力的行政管理机关或者法律授权行使行政权力的机构行使，公司并不具备这样的权限。
规章制度需合法制定：即使公司内部有规章制度规定了罚款条款，该规章制度也必须合法制定并公示。根据《劳动合同法》的规定，涉及劳动者切身利益的规章制度应当经职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定，同时还需要向全体员工公示或告知。未经此民主程序制定的规章制度，不能作为罚款的依据。
二、特定情况下的合法性
然而，在特定情况下，公司对员工进行经济处罚可能是合法的。这主要发生在员工因故意或重大过失给公司造成经济损失时。根据《工资支付暂行规定》第十六条，公司可以依据劳动合同要求员工进行经济赔偿，从工资中扣除相应的金额。但需要注意的是，每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余的工资不得低于当地月最低工资标准。
三、合法管理员工的建议
为了确保公司的正常运营并维护员工纪律，公司可以采取以下合法措施来管理员工：
警告制度：对于轻微违规行为，公司可以给予口头或书面警告，作为提醒和改正的机会。
解除劳动合同：对于严重违反公司规章制度或劳动合同约定的行为，公司有权依法解除劳动合同。
经济损失赔偿：在员工因个人原因造成公司经济损失的情况下，公司可以要求其进行合理赔偿，但需遵循法律规定的程序和限额。
绩效考核与激励：通过设立合理的绩效考核体系，对表现优秀的员工给予奖励，对表现不佳的员工进行辅导和改进，以此激发员工的积极性和创造力。
培训与教育：定期组织员工培训，提升员工的职业素养和技能水平，增强员工对公司规章制度的理解和遵守意识。
四、总结与建议
综上所述，公司制定规章制度对员工进行罚款在一般情况下是不合法的。公司应严格遵守相关法律法规，采取合法且合理的方式来管理员工。在处理员工违规或造成损失的情况时，公司应首先明确自身是否具备合法的处罚依据，并确保依据合法有效的规章制度进行操作。同时，公司还应加强对员工的培训和管理，预防违规行为的发生，维护良好的劳动关系。