关于公司处罚员工罚款是否合法的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要根据具体情况来综合判断。
一、一般情况下的不合法性
首先，从法律原则的角度来看，自2008年《企业职工奖惩条例》废止后，我国法律并未明确赋予用人单位对劳动者进行罚款的权力。罚款作为一种行政处罚措施，其设定和实施需由法律、法规明确规定，而用人单位并不具备这样的权力。因此，在大多数情况下，公司对员工罚款通常被视为不合法。
此外，公司在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，必须经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。如果公司未经此民主程序制定包含罚款内容的规章制度，那么该规章制度不仅不合法，依据其进行的罚款也同样不合法。同时，即使规章制度经过了民主程序，如果其中罚款规定违反法律、法规的强制性规定，如罚款数额过高，严重影响员工基本生活，那么这些规定也是无效的。
二、特殊情况下的合法性
然而，也存在一些特殊情况，使得公司对员工罚款可能合法。根据《工资支付暂行规定》第十六条，如果劳动者因本人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可以按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。在这种情况下，公司可以从劳动者工资中扣除赔偿金额，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。这种扣除工资的行为是基于员工对单位造成的实际损失而承担的赔偿责任，与一般的罚款性质不同，且有明确的扣除比例和底线限制。
三、员工权益保护与建议
如果员工认为公司的罚款行为不合法，首先可以尝试与公司协商解决。如果协商不成，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
对于公司而言，为了合法合规地管理员工，建议采取以下措施：
完善规章制度：公司应建立完善的规章制度，明确可罚款的情形、标准和程序，并确保这些规章制度不违反法律法规的强制性规定。
加强沟通与培训：公司应加强与员工之间的沟通和交流，确保员工了解公司的规章制度和罚款政策。同时，定期对员工进行培训和教育，提高员工的法律意识和合规意识。
合理行使权利：公司在行使罚款权利时，应充分考虑员工的实际情况和过错程度，避免过度处罚或滥用罚款权利。
综上所述，公司对员工的罚款行为并非一概而论地合法或不合法，而是需要根据具体情况来判断。员工在面对公司罚款时，应了解自己的合法权益，并采取适当措施进行维权。同时，公司也应加强规章制度建设，确保罚款行为的合法性和合规性。