关于公司罚款员工5000元是否合法的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要根据具体情况、相关法律法规以及公司规章制度来综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与一般原则
法律框架：
- 自《企业职工奖惩条例》废止后，我国法律并未明确赋予用人单位对劳动者进行罚款的权力。罚款，作为一种行政处罚手段，其执行主体应为行政机关或司法机关，而非企业。
公司规章制度：
- 根据《劳动合同法》，公司在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，应经过民主程序（如职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定）。若公司未经此程序制定包含罚款内容的规章制度，则该制度不合法，依据其进行的罚款也不合法。
- 即便规章制度经过了民主程序，若其中罚款规定违反法律、法规的强制性规定（如罚款数额过高，严重影响员工基本生活），也是无效的。
二、特殊情况下的合法性考量
赔偿经济损失：
- 若员工因本人原因给用人单位造成经济损失，公司有权按照劳动合同的约定要求员工赔偿。此时，公司可以从员工工资中扣除赔偿金额，但扣除部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
- 这种情况下，扣除工资是基于员工对单位造成的实际损失而承担的赔偿责任，与一般的罚款性质不同。若公司以此为由扣除员工5000元，需确保该金额不超过员工当月工资的20%，且扣除后工资不低于最低工资标准，同时需有充分的证据证明员工造成的实际损失。
劳动合同或规章制度中的明确约定：
- 如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了某种违规行为对应的罚款金额，且该规定经过了民主程序制定并公示，同时罚款金额合理、不违反法律法规的强制性规定，那么在这种情况下，公司对员工进行罚款可能是合法的。但即便如此，罚款金额也应与员工过错程度、实际损失相匹配，避免显失公正。
三、员工权益保护与应对策略
了解自己的合法权益：
- 员工应了解自己的合法权益，包括工资支付、劳动保护、休息休假等方面的规定。在面对公司罚款时，应首先判断罚款是否合法、合理。
与公司协商解决：
- 若员工认为公司罚款行为不合法或不合理，可首先与公司协商解决。在协商过程中，员工可以提出自己的异议和理由，要求公司重新考虑罚款决定。
寻求法律援助：
- 若协商不成，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁以维护自己的合法权益。在投诉或申请仲裁时，员工应提供充分的证据证明公司罚款行为的不合法性或不合理性。
四、具体到5000元罚款的合法性判断
- 在没有具体了解员工过错性质、实际损失、公司规章制度制定程序及内容、劳动合同约定等情况下，无法直接判断公司罚款员工5000元是否合法。
- 如果公司无法提供充分的证据证明员工造成的实际损失达到或超过5000元，或者罚款规定未经民主程序制定、违反法律法规强制性规定、罚款金额显失公正等，那么该罚款行为很可能被视为不合法。
总结：公司罚款员工5000元的合法性需根据具体情况来判断。在大多数情况下，由于法律未赋予公司罚款权力，且公司规章制度制定程序和内容需严格遵守法律规定，因此罚款行为往往被视为不合法。然而，在特定情况下（如员工因个人原因给公司造成经济损失且劳动合同或规章制度中有明确约定），公司有权要求员工赔偿损失，并从其工资中合理扣除。员工在面对公司罚款时，应了解自己的合法权益，并采取适当措施进行维权。