支付了加班费的加班是合法的。下面我将从法律角度详细解释这一结论：
一、法律依据
根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，用人单位安排劳动者加班的，应当支付加班费。具体支付标准如下：
二、合法支付加班费的情况
只要用人单位按照上述标准支付了加班费，那么加班就是合法的。例如，如果小明在工作日被安排加班2小时，且公司按照不低于他平时工资150%的标准支付了加班费，那么这次加班就是合法的。
三、特殊情况说明
虽然一般情况下支付了加班费的加班是合法的，但也存在一些特殊情况需要注意：
不定时工作制：对于实行不定时工作制的劳动者，由于其工作时间不固定，难以按照标准工时计算加班时间，因此可能不存在加班费的问题。但实行不定时工作制需经过劳动行政部门的审批，并在劳动合同中明确约定。
综合计算工时工作制：在综合计算工时工作制下，如果在综合计算周期内，劳动者的总工作时间不超过法定标准工作时间，即使在某些时段存在加班情况，也不需要支付加班费。同样，实行综合计算工时工作制也需经过劳动行政部门的审批。
协商一致：如果用人单位与劳动者在劳动合同中事先约定了加班不支付加班费（但这种情况较为罕见，且需确保不违反法律法规的强制性规定），并且劳动者在实际履行过程中对加班及不支付加班费的情况没有提出异议，那么这种情况下加班不支付加班费可能被认定为合法。但需注意，这种约定应谨慎对待，以免侵犯劳动者的合法权益。
四、总结与建议
综上所述，支付了加班费的加班在大多数情况下是合法的。但用人单位应确保按照法律规定的标准支付加班费，并尊重劳动者的合法权益。劳动者也应了解自己的权益，必要时可以采取合法手段维护自身利益。如果关于加班费支付问题存在争议或疑问，建议及时咨询专业律师以获取准确的法律意见。