针对员工离职通知三次仍未办理离职手续的情况，公司可以采取以下步骤来妥善处理：

一、再次书面通知并明确后果

首先，公司应再次以书面形式通知该员工，明确要求其在规定的时间内回单位办理离职手续。在通知中，应详细阐述逾期不办理可能带来的后果，包括但不限于影响工资结算、社保转移、离职证明的开具以及可能产生的法律责任。这一步骤是履行公司的告知义务，确保员工明确知晓不办理离职手续可能带来的不利后果。

二、正常支付实际工作工资并暂扣应扣款项

如果员工在规定时间内仍未办理离职手续，公司应正常支付其实际工作期间的工资，但有权暂扣应扣款项，如未归还的借款、未结算的报销等。同时，在离职次月，公司应停止为该员工缴纳社保，以避免不必要的费用支出。

三、处理员工未归还的公司财物

如果员工离职时未归还公司财物，公司应首先尝试通过友好协商的方式要求员工归还。若协商无果，公司可以依法通过法律途径要求员工返还财物，并保留追究其法律责任的权利。

四、收集证据并要求赔偿

如果员工不办理离职手续给公司造成了实际损失，如工作交接延误导致的业务损失、客户流失等，公司应收集相关证据，如沟通记录、业务数据等，以证明损失的存在和与员工不办理离职手续的因果关系。然后，公司可以要求员工承担赔偿责任，并通过法律途径追讨损失。

五、留存证据以应对劳动纠纷

在整个处理过程中，公司应留存所有与员工的沟通记录、书面通知、支付凭证等证据，以备不时之需。这些证据在应对可能的劳动纠纷时至关重要，可以帮助公司证明自己的合法性和合理性。

综上所述，面对员工离职通知三次仍未办理离职手续的情况，公司应依法依规进行处理，确保自身权益不受损害。同时，也应注重与员工的沟通和协商，尽量通过和平方式解决问题。