医疗期满不能胜任工作，员工并不一定要主动离职。具体处理方式如下：
员工主动离职：
- 如果员工因疾病无法胜任工作，可以选择主动离职。正式员工需要提前三十天书面通知单位，试用期员工则需要提前三天通知单位，这样就能解除劳动合同。
单位解除劳动合同：
- 如果员工患病医疗期满，既不能从事原工作，也不能从事单位另行安排的工作，那么单位可以提前三十天书面通知员工或者多付一个月工资，之后也能解除合同。并且，单位因此解除合同需要给员工经济补偿，按员工工作年限，每满一年支付一个月工资。
综上所述，医疗期满不能胜任工作时，员工既可以选择主动离职，也可以等待单位根据相关规定解除劳动合同并给予经济补偿。具体选择哪种方式，员工可以根据自身情况和单位的态度来决定。如果你在这方面有进一步的法律问题或需要更详细的建议，可以直接向我咨询。