蛋糕店如果查出有过期原料，将面临依据《中华人民共和国食品安全法》的一系列严格法律处罚。以下是对此问题的详细解答：

一、违法行为的界定

根据《中华人民共和国食品安全法》第三十四条的明确规定，禁止生产经营用超过保质期的食品原料、食品添加剂生产的食品。因此，无论是蛋糕店使用过期原料制作食品，还是仅仅存储有过期原料而未使用，都构成违法行为。

二、具体处罚措施

1. 没收违法财物和违法所得：

   • 蛋糕店违法使用的过期原料、违法生产经营的食品及食品添加剂，以及用于违法生产经营的工具、设备、原料等物品，将被县级以上人民政府食品安全监督管理部门依法没收。
   • 如果蛋糕店已使用过期原料生产出蛋糕并销售获利，其违法所得也将被没收。

2. 罚款：

   • 对于货值金额不足一万元的违法行为，将并处以五万元以上十万元以下的罚款。
   • 对于货值金额一万元以上的违法行为，罚款将更加严厉，将并处以货值金额十倍以上二十倍以下的罚款。

3. 吊销许可证：

   • 如果蛋糕店存在多次使用过期原料、造成食品安全事故等严重情节，发证机关将吊销其许可证。
   • 被吊销许可证后，食品生产经营者及其法定代表人、直接负责的主管人员和其他直接责任人员，在处罚决定作出之日起五年内不得申请食品生产经营许可，也不得从事食品生产经营管理工作或担任食品生产经营企业的食品安全管理人员。
   • 因食品安全犯罪被判处有期徒刑以上刑罚的，将终身不得从事食品生产经营管理工作，也不得担任食品生产经营企业的食品安全管理人员。

三、民事赔偿责任

除了上述行政处罚外，如果蛋糕店因使用过期原料导致消费者健康问题，还可能面临消费者的民事赔偿请求。这包括赔偿消费者因食用过期食品导致的医疗费用、误工费等损失。

四、实际案例

以文昌文城今日吉烘焙店为例，该店因使用超过保质期的食品添加剂生产食品、未及时清理超过保质期的食品以及未按规定制定并实施原料控制要求，被文昌市综合行政执法局依法处罚。处罚内容包括没收超过保质期的食品添加剂和原料，并处以人民币5000元的罚款。

五、建议与总结

为了避免类似的法律处罚和经济损失，蛋糕店应严格遵守相关法律法规，确保食品安全。具体措施包括：

• 定期检查库存原料，及时清理过期或变质原料。
• 制定并实施严格的原料控制要求，确保采购的原料符合食品安全标准。
• 加强员工培训，提高员工对食品安全的认识和重视程度。

总之，蛋糕店在查出过期原料时，应立即停止使用并妥善处理，以避免触犯法律并保障消费者的健康安全。同时，也应加强内部管理，确保食品安全管理制度的有效执行。