公司超过三个月不发工资，劳动者不能直接向法院起诉，而应先申请劳动仲裁。下面我为您详细解释：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十条，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。
   • 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第五条，发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。

2. 处理流程：

   • 协商：首先，劳动者可以尝试与公司进行协商，明确要求其支付拖欠的工资。
   • 投诉：若协商无果，劳动者可以向劳动监察部门投诉，劳动监察部门会责令公司限期支付。
   • 仲裁：若公司逾期仍不支付，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。仲裁是诉讼的前置程序，劳动者需要准备劳动合同、工资条、考勤记录等能证明劳动关系及工资数额的证据。仲裁委受理后会进行审理，并作出裁决。
   • 诉讼：若对仲裁结果不服，劳动者可以在规定期限内向人民法院提起诉讼。

3. 注意事项：

   • 劳动者在整个过程中要注意保留好相关证据，如劳动合同、工资条、考勤记录等，以证明劳动关系及工资拖欠情况。
   • 申请劳动仲裁时，要确保在知道或应当知道权利被侵害之日起一年内提出书面仲裁申请。

综上所述，公司超过三个月不发工资，劳动者应先申请劳动仲裁，而不能直接向法院起诉。若对仲裁结果不服，再向人民法院提起诉讼。希望这些信息能对您有所帮助，如有其他法律问题，请随时向我咨询。