当公司连续三个月未发放工资时，劳动者确实不能直接向人民法院提起诉讼，而是需要遵循法定的劳动争议处理流程。以下是对此问题的详细解答：
一、不能直接起诉的法律依据
根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》以及《中华人民共和国劳动法》的相关规定，劳动争议的解决应遵循“协商-调解-仲裁-诉讼”的顺序。其中，劳动仲裁是提起诉讼前的法定前置程序。这一规定旨在充分发挥劳动仲裁机构的专业优势，及时、高效地解决劳动纠纷，同时减轻法院的工作压力。
二、特殊情况下的直接起诉
虽然原则上劳动者不能直接起诉，但存在一种特殊情况：若用人单位已向劳动者出具工资欠条，且诉讼请求仅涉及工资支付问题，不涉及劳动关系其他争议，那么劳动者可以根据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》的相关规定，直接向法院提起诉讼。
三、劳动者应采取的合法途径
与用人单位协商： 这是首选方式，劳动者可以尝试通过友好沟通，与用人单位协商解决工资拖欠问题。
向劳动监察部门投诉： 如果协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，要求其对用人单位进行监管，并责令限期支付工资。
申请劳动仲裁： 劳动者可以向劳动争议仲裁委员会提出仲裁申请，通过专业仲裁机构审理和裁决工资纠纷。仲裁裁决具有法律效力，如果用人单位不履行，劳动者可以据此向法院申请强制执行。
申请支付令： 劳动者还可以选择向当地人民法院申请支付令，要求用人单位支付拖欠的工资。法院经审查后认为申请成立的，将依法发出支付令，督促用人单位履行支付义务。
提起诉讼： 仅在对劳动仲裁裁决不服，或者用人单位未履行支付令等特定情况下，劳动者才可以向人民法院提起诉讼。
四、劳动者应准备的证据
在采取上述任何途径维权前，劳动者需要准备充分的证据以支持其主张。这些证据包括但不限于：劳动关系证明（如劳动合同、工作证、社保缴费记录等）以及工资拖欠证明（如工资条、考勤记录、银行流水、聊天记录、工资欠条等）。
五、结论与建议
综上所述，面对公司三个月不发工资的情况，劳动者应首先尝试与用人单位协商解决；协商不成时，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁；在特定条件下，还可以选择申请支付令或直接提起诉讼。在整个过程中，劳动者应妥善保留相关证据，以确保其合法权益得到有效维护。希望这些建议能对您有所帮助。