结论前置：公司和员工在入职前约定的周六日来公司发货不算加班的条款，如果未明确写入劳动合同且违反法律法规关于加班的规定，则该约定无效，员工有权在离职时提出劳动仲裁，主张周六日加班的费用。

分析说明：

1. 劳动合同的约定：

   • 根据《劳动合同法》的规定，劳动合同应当明确工作内容、工作地点、工作时间、休息休假等条款。如果公司和员工在入职前关于周六日发货不算加班的约定并未明确写入劳动合同，或者该约定与劳动合同中的其他条款相冲突，那么该约定的有效性就会受到质疑。

2. 加班的法律规定：

   • 根据《劳动法》的相关规定，劳动者每日工作时间不超过8小时，平均每周工作时间不超过44小时。超出部分即为加班，应支付加班费。如果周六日发货的时间超出了员工正常的工作时间，且公司未支付加班费，那么员工有权主张加班费用。

3. 劳动仲裁的合法性：

   • 员工在离职时提出劳动仲裁，是其维护自身合法权益的合法途径。如果公司和员工之间的争议无法通过协商解决，员工可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。

4. 建议与解决方案：

   • 公司应规范劳动合同的管理，确保所有与员工的约定都明确写入劳动合同，并遵守相关法律法规的规定。
   • 对于已经存在的争议，公司应积极与员工进行沟通协商，寻求妥善的解决方案。
   • 如果无法协商解决，公司应尊重员工的仲裁权利，并配合仲裁机构进行调解和裁决。

综上所述，公司和员工在入职前关于周六日发货不算加班的约定，如果未明确写入劳动合同且违反法律法规关于加班的规定，员工有权在离职时提出劳动仲裁主张加班费用。公司应规范劳动合同管理，积极解决争议，并尊重员工的合法权益。