辞职后，若怀疑公司仍在使用您的残疾证，您可以通过多种途径进行查询。详细分析如下：

1. 残联系统查询：

   • 线下查询：您可以携带本人有效身份证件和残疾证，前往当地县级以上残疾人联合会。向工作人员说明您已辞职但怀疑公司仍在使用您的残疾证，请求协助查询残疾证的使用登记记录。
   • 线上查询：若您所在地区残联已开通线上查询服务，您可登录当地残联官网或相关手机APP，按提示进行注册、登录，并查询残疾证的使用状态及是否仍与公司关联。

2. 税务部门查询：

   • 公司使用残疾证可能涉及税收优惠。您可携带身份证前往当地税务部门办税服务厅咨询，或登录电子税务局，查询是否有企业以您的残疾证为由继续申报税收优惠。

3. 工商登记部门查询：

   • 您可前往当地市场监督管理局（或原工商行政管理部门），提交身份证明等相关材料，申请查询企业登记档案信息，以确定公司是否在您辞职后仍使用您的残疾证信息。

4. 公安局查询：

   • 您可向公安局提供身份证明和残疾证明，并说明查询目的，即您已辞职但怀疑公司仍在使用您的残疾证。公安局工作人员将协助您查询相关记录。

5. 社保与个税记录间接查询：

   • 社保查询：通过社保相关手机应用或网站，查询是否有公司仍为您缴纳社保，这可能是公司仍在使用您残疾证信息的迹象。
   • 个税查询：下载个人所得税手机应用，查看您的收入和交税情况。如有公司在您不知情的情况下继续给您发放工资或扣税，这些信息将体现在个税记录中。

我建议，在发现公司确实存在未经授权使用您残疾证信息的情况时，应及时向相关部门举报，并寻求法律援助以保护自己的合法权益。同时，在查询过程中，请注意保护个人隐私，避免泄露个人信息。如有进一步需要，您可以继续咨询我。