结论：公司未报批综合工时制而一直按此制发工资，现以旷工为由解除劳动合同是否合法，需分情况讨论。一般情况下，若公司未依法报批综合工时制，其按此制认定员工旷工并解除劳动合同可能不合法；但若员工确实存在旷工行为，且公司能证明该旷工行为与综合工时制未报批无直接关联，则解除劳动合同可能合法。
分析：
综合工时制的报批要求：
- 根据相关法律法规，综合工时制需要经过劳动行政部门的审批才能实施。如果公司未按照法定程序进行报批，而擅自实行综合工时制，这一行为本身是违法的。
未报批综合工时制对劳动合同解除的影响：
- 如果公司一直按照未报批的综合工时制来计算员工的工作时间和发放工资，现在却以旷工为由解除劳动合同，这可能会引发争议。因为旷工的认定通常基于公司的工作时间制度，如果这一制度本身未经审批，那么公司以此为由解除劳动合同的合法性就会受到质疑。
- 具体来说，如果员工能够证明公司未报批综合工时制，并且自己并未违反公司实际执行（尽管未报批）的工作时间规定，那么公司以旷工为由解除劳动合同就可能被认定为违法。
员工旷工行为的认定：
- 另一方面，如果员工确实存在旷工行为，即未按照公司实际执行的工作时间规定出勤，且这一旷工行为与综合工时制是否报批无直接关联，那么公司以旷工为由解除劳动合同可能是合法的。
- 在这种情况下，关键在于证明员工的旷工行为是客观存在的，并且这一行为违反了公司的工作时间规定（尽管该规定可能未经审批）。
建议：
- 对于公司：应尽快依法报批综合工时制，以确保其合法性和有效性。同时，在解除劳动合同时，应确保有充分的证据证明员工的旷工行为，并且这一行为与综合工时制是否报批无直接关联。
- 对于员工：如果认为公司以旷工为由解除劳动合同不合法，可以收集相关证据（如公司未报批综合工时制的证明、自己的出勤记录等）来维护自己的合法权益。必要时，可以寻求法律援助或提起劳动仲裁。
可能法律后果：
- 如果公司被认定违法解除劳动合同，可能需要支付员工赔偿金，并可能面临劳动行政部门的处罚。
- 如果员工被认定存在旷工行为，且公司解除劳动合同合法，那么员工可能无法获得相应的经济补偿或赔偿。
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