企业聘用合同上注明的无故旷工3天后开除并扣除剩余全部工资的做法是不合法的。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
法律依据
《中华人民共和国劳动法》第五十条：
- 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
《中华人民共和国劳动合同法》第三十条：
- 用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
《工资支付暂行规定》第十六条：
- 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
具体分析
工资支付原则：
- 工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，用人单位应当遵循公平、合理的原则按时足额支付。即便劳动者存在旷工行为，用人单位也只能依法合理扣除相应部分的工资，而非全部。
旷工未造成经济损失：
- 若劳动者旷工但未给用人单位带来直接经济损失，用人单位无权扣除其全部工资。此做法违反了《劳动法》和《劳动合同法》中关于不得无故克扣工资的规定。
旷工造成经济损失：
- 如劳动者的旷工行为确实导致了用人单位的经济损失，用人单位有权要求劳动者赔偿。但赔偿必须通过合法途径进行，且扣除的金额需符合《工资支付暂行规定》的限制，即每月扣除不超过工资的20%，且不低于当地最低工资标准。
规章制度的有效性：
- 用人单位的内部规章制度必须合法、合理，且经过民主程序制定并向劳动者公示。若规章制度内容违法，如规定旷工3天扣除全部工资，将不被法院在劳动争议案件中采纳。
可能的法律后果
对于用人单位：
- 如果用人单位违反法律规定扣除劳动者全部工资，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位支付被非法扣除的工资。在极端情况下，用人单位还可能面临劳动保障行政部门的处罚，如责令限期支付工资报酬、加付赔偿金等。
对于劳动者：
- 劳动者在遇到此类情况时，应首先与用人单位协商解决。协商无果时，可依法向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，必要时向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。
建议与应对措施
对于劳动者：
- 了解自己的权益，确保在权益受损时能够采取适当的措施进行维权。
- 保留好相关证据，如工资条、劳动合同、旷工记录等，以便在需要时提供证明。
对于用人单位：
- 严格遵守相关法律法规，制定合理的规章制度并确保其合法性。
- 在处理员工旷工等问题时，应遵循法律程序，避免侵犯员工的合法权益，以免引发不必要的法律纠纷。
综上所述，企业聘用合同上注明的无故旷工3天后开除并扣除剩余全部工资的做法是不合法的。用人单位应依法行事，确保工资支付的合理性和合法性；而劳动者也应了解自己的权益，并在权益受损时采取适当的措施进行维权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。