结论：旷工三天合同约定扣除三天工资是否合法，需分情况讨论，不能一概而论。

分析如下：

1. 合同约定合法性基础：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者可以协商一致，在劳动合同中约定劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动纪律等事项。因此，如果劳动合同中明确约定了旷工扣除工资的条款，且该条款不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该条款在法律上是有效的。

2. 扣除工资的合理性：

   • 即便劳动合同中有旷工扣除工资的约定，扣除的工资数额也应当合理。一般来说，扣除的工资不应超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的工资不得低于当地的最低工资标准。如果扣除三天工资导致劳动者当月工资低于最低工资标准，或者扣除比例过高，那么该约定可能因不合理而被认定为无效。

3. 旷工行为的认定与处理：

   • 旷工是指劳动者无正当理由未到岗工作的行为。用人单位在认定旷工时，应当有充分的证据支持，如考勤记录、请假记录等。如果用人单位无法证明劳动者旷工，那么扣除工资的行为就缺乏合法依据。
   • 此外，用人单位在处理旷工行为时，应当遵循合法、公正、合理的原则，不得滥用扣除工资的权利。如果用人单位以旷工为由扣除工资，但未按照劳动合同或规章制度的规定进行处理，或者处理方式显失公平，那么劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

4. 特殊情况下的处理：

   • 如果劳动者旷工是由于不可抗力或用人单位的原因导致的，如突发疾病、交通事故等，那么用人单位不应扣除劳动者的工资。在这种情况下，劳动者应及时向用人单位说明情况，并提供相关证明。

建议：

• 对于劳动者而言，如果劳动合同中有旷工扣除工资的约定，应当仔细阅读并了解该条款的具体内容。在旷工时，应尽快与用人单位沟通并说明情况，以避免不必要的工资扣除。
• 对于用人单位而言，在制定劳动合同和规章制度时，应明确旷工的定义、处理方式和扣除工资的标准。在处理旷工行为时，应确保有充分的证据支持，并遵循合法、公正、合理的原则。

后续行动：

• 如果您对旷工扣除工资的合法性或合理性有疑问，或者您认为用人单位的处理方式不当，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。