结论前置：签合同的时候约定“旷工三天扣除未结算工资”的做法，在大多数情况下是不合法的。

法律依据与法理分析

1. 工资支付原则：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，除非有法定或约定的合理理由，否则用人单位不得随意扣除劳动者的工资。

2. 旷工与工资扣除的合法性：

   • 旷工是劳动者违反劳动纪律的行为，用人单位有权进行管理和惩戒。然而，直接扣除未结算工资作为旷工的惩罚，往往超出了法律规定的合理扣除范围。根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。因此，旷工三天就扣除全部未结算工资，显然违反了这一规定。

3. 合同条款的合法性：

   • 即使劳动合同中明确约定了“旷工三天扣除未结算工资”的条款，该条款也必须不违反国家强制性法律法规，否则仍不具备法律效力。用人单位不能通过合同条款来规避法律规定的工资支付义务。

实际操作建议

1. 与用人单位协商：

   • 如果你遇到了这种情况，首先应与用人单位进行协商，表达你的合法权益和关切。尝试通过沟通来解决问题，看是否能够达成一个双方都能接受的解决方案。

2. 向劳动监察部门投诉：

   • 如果协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对用人单位的违法行为进行调查和处理，并可以要求用人单位支付被非法扣除的工资。

3. 申请劳动仲裁或提起诉讼：

   • 如果劳动监察部门的处理结果不能满足你的需求，你还可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，或者向人民法院提起诉讼。在仲裁或诉讼过程中，你需要提供相关证据来证明用人单位的违法行为，并要求用人单位支付被非法扣除的工资及可能的赔偿。

特殊情况考量

• 在极少数情况下，如果劳动者旷工行为确实给用人单位造成了重大经济损失，并且用人单位能够充分举证证明损失金额，那么用人单位有权要求劳动者赔偿损失。然而，这种赔偿仍然需要遵循法律规定的扣除限额和程序，不能直接扣除全部未结算工资。

综上所述，签合同的时候约定“旷工三天扣除未结算工资”的做法在大多数情况下是不合法的。如果你遇到了这种情况，建议采取上述措施来维护自己的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。