结论前置：
- 一般情况下，旷工扣3天工资是不合法的，因为这通常超出了法律规定的合理扣除范围，并可能侵犯劳动者的劳动报酬权利。
- 但在特定情况下，如果公司规章制度明确、合法且经过公示或员工同意，并遵循法律规定扣除限额，同时能证明旷工行为确实给公司造成了重大经济损失，那么这种扣除可能是合法的，不过这种情况较为少见且需要严格满足条件。
详细分析：
法律规定角度
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这是判断扣罚工资行为合法性的基本法律框架。
- 《工资支付暂行规定》第十六条进一步规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。这意味着，即使劳动者旷工给公司造成了经济损失，公司也不能随意设定高额罚款，而是需要遵循法律规定的扣除限额。
劳动合同与规章制度方面
- 用人单位在劳动合同或规章制度中规定旷工扣3天工资时，该条款必须满足合法性要求，即经过民主程序制定、向劳动者公示告知，且不违反法律法规的强制性规定。如果规章制度未满足这些条件，或者内容本身不合理（如高额克扣），则该条款无效，用人单位不能据此随意克扣工资。
- 在实际操作中，很多公司的规章制度可能并未明确规定旷工扣3天工资，或者即使规定了也未经合法程序制定和公示，这样的规定在法律上是不被认可的。
特殊情况处理
- 在特定情况下，如果劳动者旷工行为确实给用人单位造成了实际且明确的重大经济损失，并且用人单位能够充分举证证明损失金额，那么用人单位有权要求劳动者赔偿损失，并从工资中合理扣除相应款项。但这种扣除仍需遵循法律规定，即每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，并确保扣除后剩余工资不低于当地月最低工资标准。
- 然而，要证明旷工行为确实给公司造成了重大经济损失，并且损失金额与旷工天数直接相关，往往是非常困难的。因此，这种情况下的合法扣除也较为少见。
综合判断与建议
- 对于劳动者而言：如果公司存在旷工扣3天工资的规定，并且你认为这种规定不合法或不合理，你可以首先与公司进行协商，要求其按照法律规定支付工资。如果协商不成，你可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
- 对于公司而言：在制定相关规章制度时，应确保其内容合法、合理，并严格按照法律规定执行。如果确实需要因旷工行为对劳动者进行处罚，应考虑采用其他合理的处罚方式，如警告、记过、降薪等，而不是直接扣罚工资。同时，公司也应加强员工管理，提高员工纪律性，减少旷工行为的发生。
可能涉及的计算公式（以月工资5000元为例）：
- 如果公司因旷工行为要扣除劳动者工资作为赔偿，且每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，则最多可扣除：\(5000 \times 20\% = 1000\)元。
- 如果扣除后剩余工资部分低于当地月最低工资标准（假设为2000元），则需按最低工资标准支付，即实际支付工资不得低于2000元。在这种情况下，即使劳动者旷工给公司造成了损失，公司也不能从工资中扣除超过3000元（5000元 - 2000元）的款项。
综上所述，旷工扣3天工资在大多数情况下是不合法的。如果你遇到类似问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。