旷工三天扣九天工资是不合法的。以下从多个角度为你详细分析：

一、法律依据与工资保障

根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。同时，《工资支付暂行规定》第十六条也明确指出，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。

这意味着，用人单位在扣除劳动者工资时，必须遵循法定标准，不能随意扩大扣除范围和额度。旷工三天扣九天工资的做法，显然超出了法律规定的合理扣除范围，构成了对劳动者劳动报酬权益的侵害。

二、旷工与工资扣除的合理关系

旷工是劳动者违反劳动纪律的行为，用人单位有权依据规章制度进行相应处理。然而，处理的方式应当合法、合理，不能随意扩大扣薪的范围和额度。员工工作一天应获得一天的工资，相应地，缺勤一天，用人单位可以不支付当天的工资。但规定旷工三天扣九天工资，显然超出了这一合理范围。

三、合法扣工资的情形与限制

在特定情况下，如果劳动者旷工行为确实给用人单位造成了实际且明确的重大经济损失，并且用人单位能够充分举证证明损失金额，那么用人单位有权要求劳动者赔偿损失，并从工资中合理扣除相应款项。但这种扣除仍需遵循法律规定，即每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，并确保扣除后剩余工资不低于当地月最低工资标准。

四、劳动者的维权途径

如果劳动者遇到不合理扣工资的情况，可以采取以下措施维护自己的合法权益：

1. 与用人单位协商：首先尝试与用人单位沟通，了解扣工资的具体原因和依据，并尝试协商解决。
2. 向劳动监察部门投诉：如果协商不成，可以向当地劳动监察部门投诉，请求其介入调查并处理。
3. 申请劳动仲裁：在必要时，可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。

五、对用人单位的建议

用人单位在制定相关规章制度时，应确保其内容合法、合理，并严格按照法律规定执行。对于旷工等违反劳动纪律的行为，可以采取警告、罚款（但罚款额度需合法）等合理措施进行惩戒，但不得随意克扣劳动者工资。同时，用人单位应加强与劳动者的沟通，提高劳动者的法律意识和纪律意识，共同营造和谐的劳动关系。

综上所述，旷工三天扣九天工资的做法是不合法的。如果你遇到类似情况，建议及时与用人单位沟通协商，或向相关部门投诉申请仲裁以维护自己的合法权益。如有其他疑问，也可以直接向我咨询。