结论：旷工扣三天工资是否合法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
公司规章制度的角度
- 合法情形：如果公司的规章制度中明确规定了旷工的处罚措施，包括扣发工资的具体天数，且该规章制度已经过民主程序制定（如职工代表大会或全体职工讨论通过），并向劳动者进行了公示或告知，那么公司按照规章制度扣发旷工员工三天的工资，通常是合法的。
- 违法情形：若公司规章制度中未明确规定旷工扣发工资的具体天数，或者规章制度未经民主程序制定、未向劳动者公示或告知，那么公司擅自扣发旷工员工三天的工资，可能构成违法。
劳动合同的角度
- 合法情形：如果劳动合同中明确约定了旷工的处罚措施，包括扣发工资的具体天数，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，也不违背公序良俗，那么公司按照劳动合同约定扣发旷工员工三天的工资，是合法的。
- 违法情形：若劳动合同中未约定旷工扣发工资的具体天数，或者约定的天数过高（如超过劳动者当月工资的20%），那么公司按照过高的标准扣发旷工员工三天的工资，可能构成违法。根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
法律法规的角度
- 一般原则：根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。旷工是劳动者违反用人单位规章制度或劳动合同约定的行为，用人单位可以依据规章制度或劳动合同对劳动者进行处罚，但处罚应当合理、合法，不得违反法律、行政法规的强制性规定。
- 特殊情形：如果旷工行为给用人单位造成了经济损失，用人单位可以要求劳动者赔偿经济损失，但赔偿方式应当合法、合理，不得通过过度扣发工资的方式来实现。
建议：
- 对于劳动者而言，如果认为公司扣发工资的行为违法，可以先与公司进行协商，要求公司说明扣发工资的依据和理由。如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
- 对于用人单位而言，应当制定合法、合理的规章制度，明确旷工的处罚措施，并向劳动者进行公示或告知。在扣发旷工员工工资时，应当确保扣发金额合法、合理，不得违反法律、行政法规的强制性规定。
可能后果：
- 如果公司扣发旷工员工工资的行为违法，劳动者有权要求公司补发工资，并可能要求公司支付经济补偿金或赔偿金。
- 如果劳动者旷工行为给公司造成了经济损失，公司有权要求劳动者赔偿经济损失，但赔偿方式应当合法、合理。
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