结论：旷工半天扣三天工资的做法，在大多数情况下是不合法的。这一结论主要基于《中华人民共和国劳动法》及相关法规中关于工资支付和劳动者权益保护的规定。

详细分析：

1. 法律依据与劳动者权益：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这是保护劳动者劳动报酬权益的基本法律框架。
   • 旷工半天，劳动者仅半天未提供劳动，因此用人单位最多只能不支付这半天的工资。扣除三天工资的做法明显超出了合理范围，侵害了劳动者获取劳动报酬的权益。

2. 企业规章制度的有效性：

   • 用人单位有权根据自身的生产经营特点和经济效益，依法自主确定本单位的工资分配方式和工资水平，并通过规章制度对员工的考勤等进行管理。
   • 但这些规章制度必须符合法律规定，经过民主程序制定（如与工会或职工代表平等协商确定），并向劳动者明确公示告知。如果规章制度未经这些程序，或内容违反法律规定（如高额克扣工资），那么该规定对劳动者不具有法律效力。

3. 经济损失与赔偿：

   • 如果劳动者旷工的行为给用人单位造成了实际经济损失，用人单位可以要求劳动者赔偿损失。但这种赔偿应当基于实际损失的合理计算，并提供相应的证据支持。
   • 扣除工资作为赔偿的方式，必须遵循法律规定，即每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。直接扣三天工资通常不符合这一规定。

4. 合法合理的处理方式：

   • 对于劳动者的旷工行为，用人单位应当依据公司的规章制度或劳动合同约定进行处理。处理方式可以包括给予警告、记过、扣减绩效考核分数、扣减奖金等，但这些处理方式都应当在合法、合理、公正的范围内进行。
   • 例如，如果公司规章制度规定旷工半天扣半天工资，并经过民主程序制定且向劳动者公示告知，那么这种处理方式是合法的。

5. 劳动者的维权途径：

   • 如果劳动者认为用人单位的处理方式不合法或不合理，可以与用人单位协商解决。
   • 协商不成的，劳动者可以向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在必要时，还可以依法提起诉讼。

建议：

• 用人单位在制定和执行相关规章制度时，应确保其内容合法、合理，并严格按照法律规定执行，以维护劳动者的合法权益。
• 劳动者也应了解相关法律法规，以便在权益受到侵害时及时维权。如果遇到旷工扣工资等劳动纠纷问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议。