“旷工一天按照三天算”在劳动合同中的约定通常是不合法的。下面我将从法律角度为您详细解析这一问题：

法律依据与解析

1. 《中华人民共和国劳动法》第五十条明确规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，且不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这一法律条文是保护劳动者工资权益的基本法律依据。

2. 《工资支付暂行规定》第十六条进一步规定，若劳动者因个人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可按劳动合同约定要求赔偿，但每月扣除的工资不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。这一规定限制了用人单位扣除劳动者工资的比例和条件。

3. 从法理角度分析，“旷工一天扣三天工资”的约定明显过高，属于不合理地加重劳动者责任。劳动者旷工确实给用人单位造成损失的，用人单位可以要求其赔偿合理的损失，但扣除工资的比例应合理，并遵循上述法律规定。

特殊情况考量

• 若用人单位能证明劳动者旷工行为造成了额外三天工资数额的经济损失，并有确凿证据和合理计算依据，那么要求劳动者赔偿相应损失可能得到法律支持。但这与直接扣除工资是不同的法律概念，需通过合法途径处理，如协商、诉讼等。

劳动者应对措施

1. 协商解决：劳动者遇到此类情况，首先应与用人单位协商解决，表达自身合法权益，尝试调整不合理的约定。

2. 法律途径维权：协商不成时，劳动者可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的权益。劳动监察部门会依法介入调查处理，劳动仲裁机构也会根据法律规定作出裁决。

3. 咨询专业人士：对于具体情况的合法性判断，建议劳动者咨询法律专业人士，以便更准确地了解自己的权益和维权途径。

综上所述，“旷工一天按照三天算”在劳动合同中的约定通常是不合法的。劳动者应了解自己的权益，必要时采取法律手段维护自身利益。如果您遇到相关问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。