入职单上写明旷工扣三天工资，这一条款是否合法，需分情况讨论：

1. 若该条款不违反法律法规的强制性规定，且双方协商一致，则合法有效：

   • 根据《劳动合同法》及相关劳动法规，用人单位与劳动者在劳动合同中可以约定劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动纪律等事项。旷工扣工资作为劳动纪律的一种体现，只要双方协商一致，且不违反法律法规的强制性规定（如最低工资标准、加班工资支付等），该条款即具有法律效力。
   • 在此情况下，若员工旷工，用人单位按照入职单上的约定扣除三天工资，是合法的。但需注意，扣除的工资数额不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。

2. 若该条款违反法律法规的强制性规定，或未经双方协商一致，则可能无效：

   • 如果入职单上关于旷工扣工资的条款违反了法律法规的强制性规定（如扣除工资的比例过高，导致员工工资低于最低工资标准），则该条款无效。
   • 另外，如果用人单位在制定入职单时，未与劳动者进行充分协商，或者未明确告知劳动者该条款的内容，劳动者有权主张该条款无效。在此情况下，若员工旷工，用人单位不能直接按照入职单上的约定扣除三天工资，而应依据法律法规和劳动合同的约定进行处理。

针对您的情况，我有以下几点建议：

• 仔细审查入职单上的条款：确认旷工扣工资的条款是否明确、具体，且不违反法律法规的强制性规定。
• 与用人单位沟通：如果您对入职单上的条款有疑问或不满，可以与用人单位进行沟通，寻求合理的解释或修改。
• 保留相关证据：在沟通过程中，注意保留好入职单、劳动合同、工资条等相关证据，以备不时之需。
• 寻求法律援助：如果您认为用人单位的行为侵犯了您的合法权益，可以向我咨询或寻求其他法律援助途径。

最后需要强调的是，劳动法律法规旨在保护劳动者的合法权益，同时也要求用人单位依法用工。因此，在处理劳动纠纷时，双方应秉持诚信、公平、合理的原则，通过协商、调解等方式解决争议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。