旷工扣三天工资是否合法，需根据具体情况分析，若公司规章制度明确、合法且经过公示或员工同意，并遵循法律规定扣除限额，则可能合法；否则，直接扣三天工资通常是不合法的。以下从不同角度为你详细分析：

法律规定角度

根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可要求赔偿，并从工资中扣除，但每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后剩余工资低于当地月最低工资标准，则需按最低工资标准支付。旷工作为违反劳动纪律的行为，用人单位有权进行管理和惩戒，但直接扣三天工资往往超出了法律规定的合理扣除范围。例如，若员工月工资为5000元，按照法律规定，每月最多只能扣除1000元（5000元的20%），若直接扣三天工资，假设三天工资为500元（按每月22个工作日计算，每天工资约为227元，此处为简化计算），虽未超过20%的限额，但如果公司规章制度未明确规定且未经员工同意，这种扣除方式仍然不合法。若员工月工资较低，如3000元，每月最多扣除600元，直接扣三天工资可能就超过了这一限额，显然不合法。

劳动合同与规章制度方面

用人单位在劳动合同或规章制度中规定旷工扣三天工资时，该条款需满足合法性要求，即经过民主程序制定、向劳动者公示告知，且不违反法律法规的强制性规定。若规章制度未满足上述条件，或内容本身不合理（如高额克扣），则该条款无效，用人单位不能据此随意克扣工资。比如，公司规章制度未经职工代表大会讨论通过，也未向员工进行公示，就直接规定旷工扣三天工资，这种情况下该规定对员工不具有约束力，员工有权拒绝这种不合理的扣除。

特殊情况处理

在特定情况下，如果劳动者旷工行为确实给用人单位造成了实际且明确的重大经济损失，并且用人单位能够充分举证证明损失金额，那么用人单位有权要求劳动者赔偿损失，并从工资中合理扣除相应款项。但这种扣除仍需遵循法律规定，即每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，并确保扣除后剩余工资不低于当地月最低工资标准。例如，员工旷工导致公司订单无法按时完成，给公司造成了5000元的直接经济损失，若员工月工资为3000元，每月最多只能扣除600元用于赔偿损失，而不能一次性扣除三天工资（假设三天工资为400元）来弥补这5000元的损失，剩余损失公司可通过其他合法途径向员工追偿。

综合判断与建议

判断旷工扣三天工资是否合法，需综合考虑公司规章制度的合法性、合理性以及具体执行情况。如果公司规章制度明确、合法且经过了员工的同意或公示，并且在扣除工资时严格遵循了法律规定，那么这种扣除可能是合法的。反之，如果公司没有合法有效的规章制度作为依据，或者扣除方式违反了法律规定，那么直接扣三天工资通常是不合法的。

建议：

• 用人单位：在制定相关规章制度时，应确保其内容合法、合理，并严格按照法律规定执行，以维护劳动者的合法权益。同时，在处理员工旷工问题时，要保留好相关证据，如考勤记录、给公司造成损失的证明等，以便在发生纠纷时能够充分举证。
• 劳动者：应了解相关法律法规，以便在权益受到侵害时及时维权。如果认为用人单位的处理方式不合法或不合理，可以与用人单位协商解决；协商不成的，可以向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在必要时，还可以依法提起诉讼。

希望以上分析能帮助你更好地理解旷工扣三天工资是否合法的问题。如果你还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。