结论前置：进厂旷工一天扣三天工资的做法，在大多数情况下是不合法的。
详细分析
法律依据与原则
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这一规定明确保障了劳动者的工资权益，禁止用人单位无理由扣减工资。
- 旷工是员工未经批准擅自缺勤的行为，但这并不构成用人单位随意扣减工资的理由。劳动者有权按照约定的工作时间和工作内容提供劳动，而用人单位则有义务按时足额支付工资。
旷工与工资支付的关系
- 通常情况下，旷工一天，用人单位可以不支付当天的工资，这是基于劳动者未提供相应劳动的合理对应措施。但额外扣除两天工资则缺乏法律依据，且可能构成对劳动者劳动报酬权利的侵犯。
- 日工资的计算应遵循相关规定，即月工资收入除以月计薪天数（一般为21.75天）。旷工一天，仅应扣除当天的工资，而非三天的工资。
企业规章制度的合法性
- 尽管某些用人单位的规章制度中可能规定了“旷工一天扣三天工资”的条款，但这并不意味着该条款必然合法有效。规章制度的制定需通过民主程序，内容不得违反法律法规，且必须向劳动者公示或告知。
- 即使规章制度中规定了这样的扣罚方式，如果该规定被认定为不合理、不公正，那么在劳动争议发生时，很可能被劳动仲裁机构或法院认定为无效条款。
经济损失的赔偿
- 如果劳动者旷工给用人单位造成了经济损失，用人单位可以按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但赔偿的扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。旷工一天并不直接等同于造成经济损失，因此直接扣三天工资缺乏合理依据。
劳动者的应对措施
- 面对不合理的克扣工资行为，劳动者首先应与用人单位协商解决；协商不成时，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
- 劳动者在申请劳动仲裁时，可以要求用人单位支付被克扣的工资、赔偿损失以及支付经济补偿金等。
综合建议
- 用人单位：在制定规章制度时，应确保其内容符合法律法规的要求，避免过度惩罚员工。对于旷工等违纪行为，可以采取其他合法方式处理，如给予行政处分、在符合法定条件下解除劳动合同等。
- 劳动者：在遇到类似纠纷时，应咨询专业的法律人士（如我），了解自己的权益并采取适当的法律措施来维权。同时，也应遵守企业的规章制度和劳动合同的约定，避免无故旷工等行为的发生。
无论是用人单位还是劳动者，都应增强法律意识，遵守相关法律法规，共同营造一个公平、合理的劳动环境。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。