结论前置：劳动合同中写“旷工扣三天工资”的做法，在大多数情况下是不合法的。这一结论主要基于《中华人民共和国劳动法》及相关法律法规对于工资支付和扣除的规定。
详细分析：
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这一条款明确限制了用人单位扣除劳动者工资的情形。
- 《工资支付暂行规定》第十六条进一步规定，若劳动者因个人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可按劳动合同约定要求赔偿，但每月扣除的工资不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。这一规定限制了用人单位扣除工资的比例和条件。
旷工与工资扣除的合理性：
- 旷工一天仅表示劳动者未提供这一天的劳动，用人单位有权不支付这一天的工资作为惩罚。但扣除三天工资则超出了法律允许的范围，因为旷工一天并未给用人单位造成三天的经济损失，这种扣除方式显然不公平，也违背了权利义务对等的基本法理原则。
劳动合同条款的合法性：
- 即使“旷工扣三天工资”作为劳动合同条款在员工入职时已明确告知，并得到了员工的同意，也不意味着该条款就合法。它必须不违反国家强制性法律法规，否则仍不具备法律效力。因此，用人单位不能仅凭劳动合同中的这一条款就随意扣除劳动者三天的工资。
特殊情况考量：
- 若用人单位能证明劳动者旷工行为造成了额外三天工资数额的经济损失，并有确凿证据和合理计算依据，那么要求劳动者赔偿相应损失可能得到法律支持。但这与直接扣除工资是不同的法律概念，且赔偿的扣除部分仍需遵循法律规定，即每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，并确保扣除后剩余工资不低于当地月最低工资标准。
法律建议：
- 劳动者角度：如果你遇到了劳动合同中写“旷工扣三天工资”的情况，首先应与用人单位协商解决，表达自身合法权益。如果协商不成，你可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的权益。
- 用人单位角度：作为用人单位，应遵守相关法律法规，确保工资支付的合法性和合理性。在制定劳动合同和规章制度时，应确保条款内容合法、合理，并严格按照法律规定执行。如果劳动者旷工确实给用人单位造成了经济损失，用人单位应通过合法途径要求劳动者赔偿，而不是随意扣除工资。
可能法律后果：
- 如果用人单位违反法律规定扣除劳动者工资，劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。劳动监察部门或劳动仲裁机构将依法对用人单位进行处罚，并要求用人单位补发被扣除的工资及可能产生的赔偿金。
综上所述，劳动合同中写“旷工扣三天工资”的做法在大多数情况下是不合法的。用人单位应遵守相关法律法规，确保工资支付的合法性和合理性；劳动者也应了解自己的权益，必要时采取法律手段维护自身利益。如果你有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。