结论：员工无故旷工忽然离职，公司扣除三天工资是否合理，需根据具体情况及公司规章制度来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、公司规章制度的角度
规章制度合法性：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关法律法规，公司有权制定规章制度来管理员工，但这些规章制度必须合法、合理，且经过民主程序制定并公示或告知员工。
- 如果公司规章制度中明确规定了员工旷工或擅自离职的处罚措施，包括扣除工资等，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司依据规章制度扣除员工工资可能是合法的。
规章制度具体内容：
- 规章制度应明确旷工或擅自离职的定义、处罚措施及执行程序。例如，规定旷工多少天视为严重违反规章制度，以及扣除工资的具体数额或比例。
- 如果规章制度中未明确规定扣除三天工资作为旷工或擅自离职的处罚，或者规定与法律法规相冲突，那么公司扣除三天工资可能缺乏合法依据。
二、法律法规的角度
工资支付规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及《工资支付暂行规定》，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
- 如果公司扣除员工工资缺乏合法依据，如规章制度未规定或规定不合法，那么公司的行为可能构成克扣工资，违反了法律法规的规定。
旷工或擅自离职的法律后果：
- 旷工或擅自离职是违反劳动合同的行为，公司有权依据法律法规和规章制度对员工进行处罚。但处罚措施必须合法、合理，且不得违反法律法规的强制性规定。
- 如果员工旷工或擅自离职给公司造成了损失，公司可以要求员工承担赔偿责任，但赔偿金额应合理，且不得通过扣除工资的方式超出员工应承担的赔偿责任范围。
三、实际操作建议
审查公司规章制度：
- 公司应审查其规章制度是否合法、合理，并明确旷工或擅自离职的处罚措施及执行程序。
- 如果规章制度存在缺陷或不明确之处，公司应及时进行修订和完善，以确保其合法性和有效性。
与员工沟通协商：
- 在处理员工旷工或擅自离职问题时，公司应与员工进行沟通协商，了解员工离职的原因和情况，并尝试通过协商解决问题。
- 如果员工愿意返回工作岗位并继续履行劳动合同，公司可以考虑给予一定的宽限期或机会。
依法处理并保留证据：
- 如果员工坚持旷工或擅自离职，且公司规章制度中有明确规定处罚措施，公司可以依法对员工进行处理，如扣除工资、解除劳动合同等。
- 在处理过程中，公司应保留相关证据，如考勤记录、规章制度、沟通协商记录等，以备在劳动争议仲裁或诉讼中使用。
总结与启示：员工无故旷工忽然离职时，公司扣除三天工资是否合理需根据具体情况及公司规章制度来判断。公司应确保其规章制度合法、合理，并明确旷工或擅自离职的处罚措施及执行程序。在处理此类问题时，公司应与员工进行沟通协商，并依法处理并保留相关证据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。