结论：
- 旷工一天扣三天工资的做法不合法。用人单位不能随意克扣劳动者多倍工资，扣除部分应与劳动者旷工所造成的实际损失相当，且扣除后的工资不得低于当地最低工资标准。
- 旷工三天自动离职的合法性取决于用人单位的规章制度。若规章制度合法制定、有效公示，并明确规定了旷工三天属于严重违反公司规章制度的行为，则用人单位可以依据此规定解除劳动合同；反之，则可能构成违法。
详细分析：
一、旷工一天扣三天工资的合法性分析
- 法律规定：根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位不能随意克扣劳动者工资。旷工当天，用人单位可以不支付劳动者当天的工资，因为劳动者未提供劳动。但是，旷工一天扣多日工资的做法是违法的，因为这超出了劳动者旷工所造成的实际损失范围。
- 工资扣除限制：若劳动者旷工给用人单位造成经济损失，用人单位可以要求赔偿，但赔偿的扣除需遵循法律规定。通常做法是按天扣除旷工期间的工资，且扣除后的工资不得低于当地最低工资标准。若用人单位以旷工为由扣除过多工资，导致劳动者实际所得低于最低工资标准，此行为违法，劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
二、旷工三天自动离职的合法性分析
- 法律未明确具体天数：我国《劳动合同法》等相关法律法规并未明确规定旷工几天即视为自动离职。因此，旷工行为的处理主要依赖于用人单位内部制定的规章制度。
- 规章制度的要求：
- 合法制定：规章制度必须经过民主程序制定，如经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。
- 有效公示：规章制度制定后，必须向劳动者公示或告知，如通过组织员工培训、在公司显著位置张贴公告等方式，确保劳动者知悉相关内容。
- 内容合理：规章制度中应明确规定旷工行为的处理方式和后果，且内容应合理、合法，不得违反法律法规的强制性规定。
- 合法解除劳动合同：若规章制度满足上述条件，且明确规定了旷工三天属于严重违反公司规章制度的行为，则当劳动者旷工三天时，用人单位可以依据此规定解除劳动合同。但是，用人单位在解除劳动合同时，应确保程序的正当性，包括提前通知劳动者、给予申辩机会等，并妥善保存与劳动者旷工、离职相关的所有证据材料。
三、实际操作建议
- 劳动者角度：
- 在面临旷工及工资扣除问题时，劳动者应先查看用人单位的规章制度或咨询相关部门负责人，了解具体的扣工资规定和离职政策。
- 如对处理结果有异议，应及时向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。
- 用人单位角度：
- 在制定规章制度时，应确保内容合法、合理，并遵循法定程序进行制定和公示。
- 在处理旷工问题时，应综合考虑具体情况，避免一刀切的做法，体现人性化管理。同时，应确保处理方式的合法性和合理性，避免侵害劳动者的合法权益。
四、案例分析
以小李为例，若他在某公司工作，旷工一天后公司以旷工为由扣了他三天的工资，并且规定旷工三天自动离职。根据上述法律知识，公司扣除三天工资的做法明显不合理且违法。若小李旷工三天，公司也不能直接以其旷工三天为由认定其自动离职并解除劳动合同，除非公司的规章制度满足合法制定、有效公示且内容合理的条件。若公司规章制度存在瑕疵或未依法履行相关程序，小李可以要求公司支付扣除的不合理部分工资，并对公司违法解除劳动合同的行为提出异议或寻求法律援助。
综上所述，旷工一天扣三天工资以及旷工三天自动离职的做法在法律上存在不合规之处。无论是劳动者还是用人单位，都应了解并遵守相关法律法规和规章制度的要求，以维护良好的劳动关系和双方的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。