结论：
旷工三天自动离职扣900元工资是否合理，需结合具体情况判断，但用人单位不能随意克扣劳动者工资，扣除部分需合理且不得使劳动者实际所得低于当地最低工资标准。若扣除900元后工资低于最低标准，或扣除无合理依据，则此行为违法。
详细分析：
旷工与工资扣除的法律规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，旷工当天用人单位可以不支付工资，因为劳动者未提供劳动。但旷工一天扣多日工资的做法是违法的。
- 若劳动者旷工，用人单位可以扣除相应天数的工资，但需确保扣除后的工资不低于当地最低工资标准。这是工资扣除的合理范围限制。
自动离职的法律处理：
- “自动离职”并非法律术语，若用人单位规章制度中明确规定旷工三天为严重违反规章制度，可以解除劳动合同。但解除劳动合同时，用人单位必须一次性支付劳动者应得的工资，不得因旷工而拒绝支付已工作天数的工资。
扣除900元工资的合理性判断：
- 要判断扣除900元是否合理，需考虑劳动者的日工资水平、旷工天数以及当地最低工资标准。例如，若劳动者日工资为100元，旷工三天，则理论上最多扣除300元工资。若扣除900元，显然超出了合理范围。
- 计算公式示例（假设日工资为W，旷工天数为D，当地最低工资标准为M）：
- 合理扣除工资上限 = W × D
- 实际扣除后工资 = 月工资 - 合理扣除工资上限
- 若实际扣除后工资 < M，则扣除行为违法。
用人单位的规章制度与公示：
- 用人单位若因旷工扣除工资，应基于依法制定并公示的规章制度。若规章制度未明确规定或未公示，用人单位不得随意扣除工资。
劳动者的维权途径：
- 若认为用人单位扣除工资的行为不合理或违法，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
实际操作建议：
- 查看规章制度：劳动者应先查看用人单位的规章制度，了解具体的扣工资规定。
- 咨询与沟通：如对处理结果有异议，应及时与用人单位沟通，表达自己的诉求和理由。
- 维权行动：若沟通无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助，通过法律途径维护自己的权益。
举例说明：
假设小李在某公司工作，日工资为150元，旷工三天。公司规章制度规定旷工一天扣三天工资，但未公示且未与小李协商。公司因此扣除小李900元工资。根据法律规定，公司扣除工资的行为不合理且违法，因为扣除后的工资可能低于当地最低工资标准，且规章制度未公示。小李可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司支付扣除的不合理部分工资。
综上所述，旷工三天自动离职扣900元工资是否合理，需结合具体情况判断。若扣除无合理依据或使劳动者实际所得低于最低工资标准，则此行为违法。劳动者应了解自己的权益和维权途径，及时维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。