结论：旷工扣三天工资是否合理，需根据具体情况判断，包括公司规章制度、劳动合同约定以及旷工的实际影响等因素。以下从不同角度进行分析：
一、公司规章制度与劳动合同约定
公司规章制度：
- 如果公司的规章制度中明确规定了旷工的处罚措施，包括扣发工资的具体天数或比例，并且该规章制度已经通过合法程序制定并公示，那么公司按照规章制度扣发旷工期间的工资是合法的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
劳动合同约定：
- 如果劳动合同中明确约定了旷工的处罚措施，包括扣发工资的具体天数或比例，那么公司按照劳动合同约定扣发旷工期间的工资也是合法的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三条，订立劳动合同，应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。依法订立的劳动合同具有约束力，用人单位与劳动者应当履行劳动合同约定的义务。
二、旷工的实际影响
旷工天数与工资扣发：
- 旷工一天扣三天工资的做法，如果仅从旷工天数与工资扣发的比例来看，可能显得较为严厉。但关键在于这种做法是否在公司规章制度或劳动合同中有明确约定，并且是否合理。
- 合理性判断：如果旷工一天对公司造成的损失远大于三天工资，且公司规章制度或劳动合同中有明确约定，那么这种做法可能被视为合理。但如果旷工一天对公司造成的损失并不大，或者公司规章制度或劳动合同中没有明确约定，那么这种做法可能被视为不合理。
旷工对工作秩序的影响：
- 旷工不仅影响公司的正常工作秩序，还可能对其他员工的工作积极性和团队凝聚力产生负面影响。因此，公司对旷工行为进行处罚是合理的，但处罚措施应当合理且合法。
三、法律建议
审查公司规章制度与劳动合同：
- 劳动者应仔细审查公司的规章制度和劳动合同，了解旷工的处罚措施是否明确约定，并判断其是否合理。
与公司协商：
- 如果认为公司对旷工的处罚措施不合理，劳动者可以与公司进行协商，寻求合理的解决方案。
寻求法律援助：
- 如果协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
示例：假设某公司规章制度中明确规定，旷工一天将扣发三天工资。某员工旷工一天后，公司按照规章制度扣发了其三天工资。如果该规章制度已经通过合法程序制定并公示，且旷工一天对公司造成的损失确实较大，那么这种做法可能是合理的。但如果该规章制度未经合法程序制定或公示，或者旷工一天对公司造成的损失并不大，那么这种做法可能被视为不合理，员工有权向公司提出异议或寻求法律援助。
总结：旷工扣三天工资是否合理，需根据具体情况判断。劳动者应仔细审查公司规章制度和劳动合同，了解旷工的处罚措施是否明确约定且合理。如有异议，可与公司协商或寻求法律援助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。