结论前置：
- 通常情况下，“旷工一天扣三天工资”的做法是不合法的，因为它违反了《中华人民共和国劳动法》及相关法律法规中关于工资支付和扣除的规定。
- 特殊情况下，若用人单位能证明劳动者旷工行为造成了额外经济损失，并有确凿证据和合理计算依据，要求劳动者赔偿相应损失可能得到法律支持，但这与直接扣除工资是不同的法律概念。
详细分析：
法律依据与劳动者权益
- 《中华人民共和国劳动法》第五十条明确规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这是保护劳动者劳动报酬权益的基本法律框架。
- 《工资支付暂行规定》第十六条进一步规定，若劳动者因个人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可按劳动合同约定要求赔偿，但每月扣除的工资不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。这一规定限制了用人单位扣除劳动者工资的情形和比例。
旷工一天的工资扣除情况
- 旷工一天，劳动者仅当天未提供劳动，因此用人单位最多只能不支付当天的工资。这是基于劳动者未提供相应劳动的合理对应措施。
- 扣除三天工资的做法超出了合理范围，因为劳动者并未提供三天的劳动，却要承担三天的工资损失，这显然侵害了劳动者获取劳动报酬的权益。
企业规章制度的合法性
- 用人单位有权根据自身的生产经营特点和经济效益，依法自主确定本单位的工资分配方式和工资水平，并通过规章制度对员工的考勤等进行管理。
- 但这些规章制度必须符合法律规定，经过民主程序制定（如与工会或职工代表平等协商确定），并向劳动者明确公示告知。如果规章制度未经这些程序，或内容违反法律规定，那么该规定对劳动者不具有法律效力。
- 即使规章制度中规定了“旷工一天扣三天工资”，如果这一规定违反了法律法规的强制性规定，那么它也是无效的，不能作为用人单位扣除劳动者工资的依据。
经济损失与赔偿
- 如果劳动者旷工的行为给用人单位造成了实际经济损失，用人单位可以要求劳动者赔偿损失。
- 但这种赔偿应当基于实际损失的合理计算，并提供相应的证据支持。赔偿的方式可以是要求劳动者支付赔偿金，而不是简单地以扣三天工资这种明显不合理的方式进行。
- 赔偿金额的计算应当遵循公平、合理的原则，不得超出劳动者因旷工行为给用人单位造成的实际损失范围。
合法合理的处理方式
- 对于劳动者的旷工行为，用人单位应当依据公司的规章制度或劳动合同约定进行处理。
- 处理方式可以包括给予警告、记过、扣减绩效考核分数、扣减奖金等，但这些处理方式都应当在合法、合理、公正的范围内进行，不能违反国家法律法规的规定。
- 用人单位在处理员工旷工问题时，应当注重教育、引导和纠正，而不是简单地采取惩罚措施。
劳动者的维权途径
- 如果劳动者认为用人单位的处理方式不合法或不合理，可以与用人单位协商解决。
- 协商不成的，劳动者可以向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在必要时，还可以依法提起诉讼。
总结与建议：
“旷工一天扣三天工资”的做法在大多数情况下是不合法的，因为它违反了法律关于保护劳动者劳动报酬权益的规定。用人单位在处理员工旷工问题时，应当遵循合法、合理、公正的原则，并尊重劳动者的合法权益。如果劳动者遇到此类情况，应当了解自己的权益，并采取合适的法律手段来维护自身利益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。