结论前置：旷工三天自离扣三天工资是否合法，需分情况讨论，不能一概而论。

1. 若公司规章制度合法且明确规定旷工扣工资：

   • 法律背景：根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位有权根据本单位的规章制度对员工进行管理，包括因员工旷工而扣除相应工资。但这一权利的行使必须建立在规章制度合法、合理且已向员工公示或告知的基础上。
   • 具体分析：如果公司的规章制度中明确规定了旷工三天将扣除三天工资，并且这一规定不违反法律法规的强制性规定（如不低于当地最低工资标准、不违反公平合理原则等），同时该规章制度已经通过合法程序制定并向员工公示或告知，那么公司扣除旷工员工三天工资的行为可能是合法的。

2. 若公司规章制度不合法或未明确规定旷工扣工资：

   • 法律背景：同样依据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位的规章制度必须合法、合理，且不得违反法律法规的强制性规定。如果规章制度本身不合法或未明确规定旷工扣工资，那么用人单位以此为由扣除员工工资的行为可能构成违法。
   • 具体分析：如果公司的规章制度中没有明确规定旷工三天将扣除三天工资，或者该规定违反了法律法规的强制性规定（如扣除工资后员工工资低于当地最低工资标准），那么公司扣除旷工员工三天工资的行为就是不合法的。在这种情况下，员工有权要求公司补发被扣除的工资，并可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

3. 特殊情况考虑：

   • 劳动合同约定：如果劳动合同中明确约定了旷工扣工资的具体条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么双方应按照劳动合同的约定执行。
   • 地方性法规或政策：不同地区可能有不同的地方性法规或政策对旷工扣工资的问题进行具体规定。因此，在判断公司扣除旷工员工工资是否合法时，还需要考虑当地的具体规定。

法律建议：

• 对于员工而言，如果认为公司扣除旷工工资的行为不合法，可以先与公司进行协商沟通，要求公司补发被扣除的工资。如果协商无果，可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
• 对于公司而言，在制定规章制度时，应确保规章制度的合法性和合理性，并明确规定旷工扣工资的具体条款。同时，在执行规章制度时，应严格按照规定进行操作，避免出现违法扣除员工工资的情况。

可能法律后果：

• 如果公司违法扣除员工工资，除了需要补发被扣除的工资外，还可能面临劳动监察部门的处罚或劳动仲裁机构的裁决要求支付赔偿金等法律后果。
• 如果员工因公司违法扣除工资而提起诉讼或申请仲裁，公司还可能因此承担诉讼费、仲裁费等额外费用。