旷工三天加自离扣了6天工资是否合法，需视具体情况而定。

1. 法律规定与扣薪标准：

   • 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可要求赔偿，并从工资中扣除，但每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后剩余工资低于当地月最低工资标准，则需按最低工资标准支付。
   • 因此，直接扣除6天工资通常超出了法律规定的合理扣除范围，除非有特别情况证明这一扣除是合理的。

2. 公司规章制度的有效性：

   • 如果用人单位有明确且合法的规章制度，规定旷工三天及自动离职的扣薪标准，并且该规章制度已经过民主程序制定并已向劳动者公示或告知，那么按照制度扣除工资可能具有合法性。
   • 但即使如此，扣除的工资也不得低于当地最低工资标准，且应与实际损失合理对应。

3. 实际情况的考量：

   • 如果旷工三天加自离确实给用人单位造成了实际且明确的重大经济损失，并且用人单位能够充分举证证明损失金额，那么用人单位有权要求劳动者赔偿损失，并从工资中合理扣除相应款项。
   • 但这种扣除仍需遵循法律规定，即每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，并确保扣除后剩余工资不低于当地月最低工资标准。

4. 综合判断：

   • 在没有合法有效的规章制度作为依据，或者扣除方式违反了法律规定的情况下，直接扣除6天工资通常是不合法的。
   • 劳动者如果认为扣薪不合理，可以与用人单位协商，协商不成可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的权益。

综上所述，旷工三天加自离扣了6天工资是否合法，需要根据具体情况进行综合分析，包括公司规章制度的合法性、合理性以及具体执行情况，以及劳动者的实际损失和法律规定等因素。如果您有进一步的疑问或需要法律帮助，请直接向我咨询。