综合工时未经审批解除合同是违法的。以下从不同角度为您详细分析：

一、综合工时制的合法前提

根据《劳动法》第三十九条，企业实行综合计算工时工作制，必须经劳动保障行政部门批准。这意味着，未经审批的综合工时制是违法的，企业不能仅凭内部规定或协议就擅自实行。若企业未经审批而实行综合工时制，并据此解除与劳动者的合同，那么这种解除行为很可能被认定为违法。

二、违法解除合同的法律后果

1. 经济赔偿：根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位违法解除劳动合同的，应当向劳动者支付经济赔偿金。经济赔偿金的标准通常是劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。

2. 继续履行合同：在某些情况下，劳动者可能要求用人单位继续履行劳动合同。如果法院或仲裁机构认为继续履行合同是可行的，那么用人单位可能需要恢复与劳动者的劳动关系，并补发因违法解除合同而少发的工资等。

三、综合工时制下的加班与权益保护

1. 加班费计算：在综合工时制下，员工的加班费计算有其特殊性。周期内超时部分，即总工时超标部分，应按150%支付加班费。法定节假日无论是否超时均需支付300%工资，休息日未补休则按200%计算。这些规定确保了员工在综合工时制下仍享有不可剥夺的加班权益。

2. 权益保护策略：

   • 合同确认：劳动者在签订劳动合同时，应核查合同中是否注明了工时制度类型及审批文号。
   • 工时记录：保留考勤、加班证据，便于周期内总量核对，确保自己的权益不受侵害。
   • 维权途径：若遭遇超时未付费或强制加班等违法行为，劳动者可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

四、实际案例中的法律应用

以日照市中级人民法院的一个案例为例，某公司主张依据公司规章制度解除与娄某的劳动关系，但该公司并未能提供证据证明其规章制度经过了职工代表大会或者全体职工讨论，也未提供证据证明与工会或者职工代表经过平等协商确定。同时，该公司也未提供证据证明其规章制度经过了公示告知程序。因此，法院认定该公司依据未经法定程序制定的规章制度解除与娄某之间的劳动关系系违法解除，应当向娄某支付经济赔偿金。

建议：

• 对于企业而言，应严格遵守相关法律法规，确保综合工时制的合法性和合规性。在实行综合工时制前，务必向劳动保障行政部门申请审批，并将审批结果公示或告知劳动者。
• 对于劳动者而言，应了解自己的权益和保护策略。在签订劳动合同时，仔细核查合同内容；在工作中，保留好相关证据；在遭遇违法行为时，及时维权。

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