关于综合工时制度未经过批准是否会面临罚款的问题，以下是详细的解答：

首先，综合工时制度是指因工作性质特殊或受季节及自然条件限制，需在一段时间内连续作业，采取以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的一种工时制度。然而，这种工时制度并非企业可以随意实行的，它必须经过劳动保障部门的批准方可实施。

如果用人单位未经劳动保障部门批准，擅自实行综合计算工时工作制，那么将面临一系列的法律后果。具体来说：

1. 责令改正与警告：

   • 劳动行政部门会责令用人单位立即停止违规实行综合工时制的行为，并要求其恢复按照标准工时制度工作或重新依法申请并获批后再实施综合工时制。
   • 同时，用人单位可能会收到劳动行政部门的书面警告，以警示其行为已经违反劳动法律法规，并要求在规定期限内进行整改。

2. 补办审批手续：

   • 用人单位需要尽快向劳动保障部门补办综合工时制度的审批手续，以确保其工时制度的合法性。

3. 罚款：

   • 若用人单位拒不执行改正要求或未按时补办审批手续，劳动行政部门将对其处以罚款。罚款的具体金额各地可能有所不同，但通常会依据违法情节、涉及劳动者人数等因素来确定。例如，某些地区可能规定罚款金额为5000元以上1万元以下。

4. 支付加班费与经济补偿：

   • 如果因为用人单位违规实行综合工时制，导致劳动者加班且未依法获得加班费，或者劳动者的休息休假权益受到侵害等，用人单位还需要承担赔偿责任，包括支付足额的加班费、未休年假工资报酬等。

因此，综合工时制度未经过批准是会面临罚款的，同时还可能伴随其他严重的法律后果。建议企业在制定工时制度时，务必咨询专业法律人士，确保制度的合法性与合规性。同时，劳动者也应了解自己的权益，并在权益受到侵害时及时通过申请劳动仲裁或提起诉讼等方式来维护自己的合法权益。