综合工时未备案，即使整改后，仍可能面临处罚，但具体处罚情况需视整改情况及违规情节而定。以下是对此问题的详细分析：
一、主要处罚措施及整改后的影响
责令改正与警告：
- 劳动行政部门在发现用人单位未经批准擅自实行综合工时制时，会首先责令其立即停止违规行为，并要求恢复标准工时制度或重新依法申请并获批后再实施。同时，会发出书面警告。
- 整改后：如果用人单位及时整改，补办了审批手续，并恢复了合法的工时制度，那么劳动行政部门可能会根据整改情况，减轻或免除进一步的处罚，如罚款等。但警告记录可能会保留，作为对用人单位的警示。
罚款：
- 若用人单位拒不执行改正要求或未按时补办审批手续，劳动行政部门将对其处以罚款。罚款金额各地规定可能有所不同，但通常会依据违法情节、涉及劳动者人数等因素来确定。
- 整改后：如果用人单位在罚款决定作出前已经完成了整改，那么劳动行政部门可能会根据整改情况，考虑减轻或免除罚款。但如果罚款决定已经作出并执行，那么即使后续整改，罚款也不会被退还。
支付加班费与经济补偿：
- 如果因为用人单位违规实行综合工时制，导致劳动者加班且未依法获得加班费，或者劳动者的休息休假权益受到侵害，用人单位需要承担赔偿责任。
- 整改后：这一责任并不因整改而免除。用人单位仍然需要支付足额的加班费、未休年假工资报酬等。如果因违规行为给劳动者造成身体损害或其他损失，还需要进行相应的赔偿。
二、整改的关键要素与建议
及时补办审批手续：
- 用人单位在发现未经批准擅自实行综合工时制后，应立即停止违规行为，并尽快补办审批手续。这是避免进一步处罚的关键。
确保整改的彻底性：
- 整改不仅是要补办审批手续，还要确保后续的工时制度完全符合法律法规的要求。这包括合理安排劳动者的工作时间和休息休假，确保劳动者的合法权益不受侵害。
与劳动者沟通协商：
- 在整改过程中，用人单位应与劳动者进行充分的沟通协商，解释整改的原因和目的，以及可能对劳动者产生的影响。这有助于增强劳动者的理解和支持，减少劳动争议的发生。
三、劳动者的权利与救济途径
- 劳动者在面临用人单位未经批准擅自实行综合工时制的情况时，有权要求企业按照法律规定支付加班费或经济补偿。
- 如果劳动者与用人单位因此产生劳动争议，可以通过申请劳动仲裁或提起诉讼的方式来维护自己的合法权益。
总结与建议：综合工时制度必须经过劳动行政部门的审批才能实施，且必须严格遵守相关的法律法规。企业应当充分认识到违规实行综合工时制的严重性，并切实保障劳动者的合法权益。如果已经发生了违规行为，应立即进行整改，并尽可能减轻对劳动者的影响。同时，建议企业在制定工时制度时，务必咨询专业法律人士（如我），确保制度的合法性与合规性，以避免不必要的法律风险和经济损失。劳动者也应了解自己的权益，并在权益受到侵害时及时寻求法律救济。